关于抗日民族统一战线的历史，他认为"可以分成五个阶段"，第一阶段是从"九•一八"到西安事变；第二阶段是从西安事变到"七七"事变；第三阶段是从"七七"事变到武汉撤退；第四阶段是从1939年国民党五中全会到1944年国民党参政会；第五阶段是从中共提出联合政府口号到抗战结束。抗战初期，他除了和蒋介石谈判，还直接对国民党各地方实力派做工作。阎锡山不理睬他和中共的建议，致使娘子关失守，被迫放弃忻口、丢掉太原。李宗仁、白崇禧听进了他的忠告，"以抗战民主与蒋比进步"，采纳了他提出的战略战术，以运动战为主，游击战为辅，守点打援，各个击破，结果在台儿庄大破日军，不仅鼓舞了中国军民的抗日士气，也增强了桂系图存发展的筹码。他对蒋介石国民党始终保持着警惕，提醒全党特别是从事抗日民族统一战线工作的同志，"国共两党在全国抗日与民主的问题上，长期存在着原则分歧和严重的斗争"。这场斗争的核心是中国究竟是走共产党主张的抗战、团结、民主、进步的道路，还是走国民党主张的妥协投降、摩擦分裂、专制独裁、复古倒退的道路。这是两条完全不同的道路。事实正如他指出的那样，在要不要抗战的问题上，蒋介石受了共产党的领导；在如何抗战的问题上，共产党又是独立自主的。这就是抗日民族统一战线内部争夺领导权的斗争。八年时间，国共两党围绕着中国政治生活领导权的斗争，有时激烈，有时隐蔽，文武并用，往往是先打后谈，或是这边打，那边谈；当然，共产党的打是为自卫，而谈是求团结。而他在这八年时间里，通过卓有成效的谈判和宣传，把这场两党间的斗争，把两个中国之命运，向全中国人民，同时也向世界反法西斯国家和人民，完全、彻底、详细、充分地展示开来，并且明白无误地预示了抗战胜利后新中国的前途。

    从1939年到l944年，正是抗日战争的相持阶段。共产党坚持抗战、团结、进步，反对投降、分裂和倒退，得到广大人民的拥护，成为抗日民族统一战线的主导。中共中央和毛泽东坐镇延安，手中有两支力量，一支是由八路军、新四军构成的敌后抗日武装力量，领导人是朱德、彭德怀、项英、陈毅等人，另一支就是在大后方负责和蒋介石国民党谈判的中共代表团，领导人是周恩来。这两支力量如同两只铁拳，一面不断沉重打击日寇，坚持持久战、游击战，支持国民党的正面战场和国际反法西斯战争；一面在自卫的立场上，有力回击国民党发动的反共高潮，防止对日妥协投降，维护抗日民族统一战线。这期间，蒋介石国民党先后发动了三次反共高潮，国共之间进行过三次谈判。周恩来把这称为"两个‘三’"。他对抗日持久战中与国民党的持久谈判驾轻就熟，是这两个"三"中的中流砥柱。

    1939年，国民党在其五中全会之后，发动了第一次反共高潮。他们取缔了重庆、西安以外的八路军办事处，制造了平江惨案、竹沟惨案，其攻击的重点在华北，攻打边区，攻击新军，让朱怀冰和八路军搞摩擦，结果被八路军粉碎了。朱德曾经一语道破蒋介石的本质，他就怕你有力量，你有力量把他的力量消灭了，那他就没话可说。果然，朱怀冰被八路军消灭完了，蒋介石只有装聋作哑，怀恨在心，他派卫立煌和朱德谈判，划漳河为界，草草收场。"第一次反共高潮过去了，就来了个第一次谈判"，周恩来说自己和蒋介石的这次谈判，是"打了胜仗不骄傲，还和他谈判，我们是相忍为国"。又说："那时谈判有四件事：党的合法性，边区的承认，军队的增加，还有作战区域的划分。中心是第四条。"蒋介石的算盘是把八路军、新四军向北赶，借日本人之手削弱共产的力量。他要把八路军赶到黄河以北，把新四军赶到长江以北，在山东的赶到鲁北，在山西的赶到晋北，一律实行"投畀有北"。周恩来坚持有理、有利、有节的方针，一方面严拒绝蒋介石对八路军的无理要求，同时为顾全大局，做了适度的让步，同意皖南新四军撤到长江以北。然而蒋介石仍然不干，指使何应钦、白崇禧发《皓电》，坚持将以《中央提示案》为最后形式强迫共产党接受，进而发动了第二次反共高潮。