九月下旬，张国焘将朱德、刘伯承调离司令部，不让他们指挥部队。

　　张国焘的野心越来越大，一错再错，于十月五日在马尔康县的卓木碉另立“中共中央”，并作出《组织决议》，宣布开除毛泽东、周恩来、博古、张闻天的中共中央委员职务和党籍，并下令通缉；还宣布成立“中央委员会”、“中央政治局、“中央书记处”、“中央军事委员会”，并宣布朱德为中央委员、中央政治局委员、中央书记处书记、中央军事委员会常务委员，借以进行拉拢和诬陷。朱德坚决反对，严正表示：“你这种做法我反对。我们要接受党中央的领导，不能同中央对立。”他严肃地对张国焘说：“我是总司令，不能反对中央，不能当你封的这个‘委员’、那个‘委员’。你要搞，我不赞成。我按党员的规矩保留意见，仍以总司令的名义做革命工作。”张国焘又变换手法，除平时加紧对朱德的监视外，还别有用心地诬陷原一方面军的一个营有“叛变”行为，说要缴他们的枪，企图制造事端，造成武装冲突。朱德揭穿了他的阴谋，并忠告他：“我们现在的问题，是如何保全力量支持下去。自己打自己，就等于不要命了。”可是，野心勃勃的张国焘，一点也听不进朱德的忠告。张国焘又怂恿一些人去朱德那里闹事，抢走朱德乘坐的牲口；甚至有两天不给朱德和他身边的人员打饭吃。朱德只好亲自写条子派身边人员去向罗炳辉(当时的第三十二军军长)那里要来了一点粮食。

　　朱德被调离司令部后，到了四方面军总指挥徐向前率领的部队。徐向前也不满张国庆的错误作法。朱德同徐向前一起，加强对部队的领导，并指挥打了一些胜仗。从十月上旬到十一月下旬的一个多月中，连续发动几个战役，先后攻克绥靖(今金川)、崇化(今属金川县)、丹巴、懋功、兴宝、天全、芦山等地。

　　战斗过程中和结束后，朱德抓紧时间写文章总结经验教训，对部队进行教育，提高部队的战术水平。朱德先后写出了《绥、崇、丹、松战役中我左支队二十七师两河口、抚边、达维、央金山、日隆关、巴郎山一带战斗经过及其模范教训》、《青龙场战斗是天芦战役中的模范战例》、《天芦战役中追击之模范与不追击之失败》、《雪山老林的战斗》、《绥、崇、丹、骸、天、芦战役山级河川及隘路攻击之注意》和《康、泸、天、芦、名、雅、邛、大战役中战术上应注意之点》等文。文章指出，根据敌情、我情及地形等不同条件，遇山地、隘路时，应进行山地战、隘路战和运动战，而遇地形较平坦或攻取城镇时即应改变战术，由山地战、隘路战变为平地战、街市战，并由运动战改为阵地战与堡垒战。但不管进行何种战斗，都必须坚持红军作战中行之有效的战术原则，即：集中兵力打敌人的弱点；机动地寻求打运动战而不被迫硬攻堡垒，即使打城市和堡垒，也须在野战中击溃敌人，乘胜直追，袭取城市和堡垒须在夜间或拂晓时去攻击。针对蒋介石派空军空袭的情况，朱德又写出《对防空应注意之点》一文，详细地规定对空射击的方法，对空观察哨的设立，对空的隐蔽、伪装、欺骗和空防中应遵守的纪律等等，以减少损失和树立信心去战胜敌人。朱德在军事指挥上有一个显著的特点，就是采取各种可能的方法，充分利用敌人的弱点，充分发挥自己的优势，使敌人的损失增加到最大限度，使自己的损失减少至最小限度。他有时声东击西，神出鬼没，使敌人摸不着头脑；有时又兵不厌诈，使敌人上当受骗。他可以集中兵力以多胜少，有时也出其不意地以少胜多。这些，都说明朱德虽身处逆境，但他仍然积极地进行提高部队战斗素质的工作。