此后，对高敬亭由内部审查升级到公开批斗，在青龙厂褚家圩子连续召开批斗大会，高敬亭拒不认错。据原第4支队的林维先、戴季英、周骏呜、李世安、江岚、万海峰、汪少川、成均、李世焱、赵俊等一批亲身经历过这段历史的老新四军回忆起草的《新四军第4支队简史》记载：1939年5月13日，叶军长应约到国民党安徽省政府立煌（今金寨县），24日，国民党安徽省主席兼保安司令廖磊向五战区诬告新四军第4支队“在皖省横行骚扰”，捏造了7条“罪状”，五战区转报蒋介石，蒋介石电令“所请将高敬亭处以枪刑照准。”……叶挺军长带着蒋介石批准处决高敬亭的公函，抵达合肥青龙厂后，即派第8团团长周骏呜去舒城县传达命令，要高敬亭速率教导大队（即手枪团）开赴淮南铁路下圹集地区。高敬亭奉命率教导大队到合肥青龙厂时，周骏鸣从褚家圩子出来迎接高敬亭，他说：“军长在褚家圩子等高司令，你们的住处已安排好了。”高敬亭到了宿营地，未进屋子就带3名警卫员去见叶军长，被叶军长的黄副官（黄序周，军部副官处处长）扣留关押，并将高的警卫员及整个警卫班的枪缴了。接着，叶军长将教导大队李世安大队长叫来说：“高敬亭不执行命令，已经关起来了，你要保证部队不出问题。”此时赶到的戴季英又对李说：“你回去集合队伍，向部队说清楚，高违抗命令已经关押，叶军长过江来就是处理高敬亭问题的。”李回去后即将教导大队300余人集合起来，政委江岚和大队长李世安都分别讲了话，传达了叶军长的指示精神，要求部队保持稳定。三天后，戴季英又从教导大队抽调出一批手枪，装备到新成立的支队警卫排和缺手枪的营连干部，教导大队很多同志思想不通，有20余人离队。接着又派随戴季英一道从延安来第4支队的杜国平（原红四军第36团参谋长）到教导大队接替了李世安的大队长职务，随即，李世安也被撤职关押。

    6月21日至23日，叶挺、张云逸、邓子恢在青龙厂附近的褚家圩子，连续三天召开连以上干部大会，批斗高敬亭，邓子恢主持大会，并宣布了高敬亭“反党、反中央”、“违抗军令”、“可能率部叛变投敌”等罪名，要高敬亭承认错误。高在会上一一否定，一条也不承认。高说：“红28军艰苦奋斗几年才有今天这支部队，我没有错误，第4支队没有搞好，不能怨我”。会议就如何处置高敬亭，邓子恢要大家回去讨论，大家讨论的意见综合起来是教育高敬亭，并由戴季英向军首长作了汇报。叶军长说，对高敬亭要严肃处置，要枪毙。6月24日，以叶挺、项英的名义发了布告，由叶挺带来的警卫班将高敬亭处决了，这年高敬亭仅32岁。处决后，叶军长还到立煌县向国民党第五战区作了汇报，逐上报到蒋介石。蒋介石很快复电：“贵军长巡视部属，抗战支队得以整顿就绪，辛劳备著，殊堪嘉慰。”蒋介石这则电慰叶军长的消息，刊登在1939年9月29日《抗敌报》（江北版）上[15]。

    高敬亭被枪杀两小时以后，中共中央发来电报，指示将高敬亭送延安学习[16]。可人死不能复生，这位曾经使国民党军闻风丧胆的赫赫战将，就这样付出了他年轻的生命。如果当时能采取冷处理、过渡办法效果会更好。可当时枪毙了高敬亭，还提出“肃清高敬亭余毒”的口号，邓子恢亲率工作组进驻第4支队，原红28军的许多干部受到株连，有的被降职、清洗、处决，还有100多人因背上思想包袱、离开了部队，这些都是不应该发生的事情。