1934 年10 月初，由于国民党反动派的北路军和南路军疯狂地对兴国、石城、会昌和福建长汀等地进攻，敌強我弱，红军内线粉碎敌人“围剿”的希望已经破灭，战争形势相当严峻，中央苏区已危在旦夕，革命已经到了最危险时刻，为了保存更多的革命力量，让红色革命星星之火在新的征途上燎原。何去何从成为摆在中共领导人面前决定和思考的问题，最终选择了战略大转移。在离开云石山前夕，毛泽东、贺子珍为了革命事业，把自己年幼的儿子毛毛留了下来，含泪托付给当地群众扶养，直至今日也没有任何消息。10 日那天，风啸雨残，中央机关的领导集结在云石山丰垅村马道口的路旁，编入军委第一、第二野战纵队与当地群众难舍难分，依依惜别，“一送红军下了山，秋风细雨缠绵绵，山上野鹿声声哀叫，树树梧桐叶落光。问一声亲人红军啊! 几时人马再回山……”这是革命根据地人民对红军的深厚感情和对革命成功的强烈期盼，以及与红军惜别而悲伤的真实写照。毛主席率领红军点上革命火种，从云石山开始了举世闻名的二万五千里长征，迈出了战略转移夺取革命胜利的第一歩。中央红军主力转移后，在云石山丰垅村马道口成立了以项英为书记的中共中央分局和陈毅为主任的中央政府办事处，继续领导苏区军民在赣南坚持了3 年的浴血游击战争。中国工农红军长征的胜利是人类历史上的奇迹。而云石山更是中国工农红军夺取中国革命事业胜利的一块奠基石，它作为创造这一奇迹的历史见证者而彪炳史册。

    红军主力长征后，石山和古寺庙没有遭到敌人破坏。1961、1987年，经国务院和江西省政府批准，将这里列为全国重点文物保护单位。当年从云石山踏上漫漫长征路，时任红三军团政委、年仅27 岁，原国家主席、中央军委原副主席的杨尚昆同志在1996 年11 月18 日重返云石山时，回忆起60 多年前在这里的峥嵘岁月，欣然为云石山题词“长征第一山”。