在马塘，组建了中共黑水前线委员会（简称“前委”）和黑水战役前线指挥部（简称“前指”）。“前委”由11人组成，郭林祥任书记，委员有川西军区参谋长唐健伯，茂县军分区司令员张行忠，茂县地委书记、分区政委任明道，西康省藏族自治区主席天宝，轻装师政委段思英等。“前指”的组成人员是：郭林祥任总指挥兼政委，副总指挥、副政委、参谋长分别是张行忠、任明道、唐健伯。下辖西线、东线、北线3个指挥所。西线指挥所由段思英任指挥兼政委；东线指挥所由温江分区副司令员吴少康和茂县军分区副政委鲁家汉分别任指挥和政委；北线指挥所的指挥兼政委是茂县军分区组织科长、独1团政委田运通。

　　在马通，“前委”和“前指”根据中央军委和西南军区、川西军区的指示精神，进一步研究讨论了黑水剿匪的作战方案，进行了合理的兵力部署，并研究“军事打击”和“政治争取”。

　　黑水剿匪战役开始后，剿匪大军每到一地即召集头人、土司开会，讲明党的政策，讲明黑水暴乱主要由匪首傅秉勋负责，解放军进剿的目的是消灭傅匪为首的匪特，对苏永和等黑水上层分子，则作团结争取工作，以分化孤立敌人。

　　总指挥郭林祥要茂县地委书记、前方指挥所副政委任道明，茂县军分区司令员（原公安军师长）张行忠，亲自动员卓克基土司索观瀛随军前往黑水，以配合我军宣传政策，从政治上争取苏永和脱离土匪。索虽然身体不好，仍欣然前往。郭林祥在马塘亲切接见了索观瀛。索对郭林祥说：“我的叔父索代赓被凌迟死于黑水，以我个人感情，我不愿去黑水，但按政府对我的希望，为救苏永和本人和黑水同胞，我愿赴汤蹈火，去努力做好争取苏氏的工作。”

　　当下，索即给苏永和、芦花太太等有影响的头人写了信，劝他们认清形势，放下武器。

　　7月20日，郭林祥指挥部队向土匪发起了进攻。西北军区亦向甘南土匪发动攻击，南北策应。22日解放了芦花官寨。23日索观瀛到达芦花，苏永和于这天从麻窝官寨逃到理县薛城区管的雅都山藏匿。24日，东西两线部队在麻窝会师。24日，解放军与据守麻窝官寨的土匪展开激战，全歼负隅顽抗的土匪40余人。

　　在强大的军事压力和政治攻势下，苏永和等少数民族上中层分子都归降了解放军。但是，傅秉勋拒不投降，时台湾为他们空投了补给，要他们配合美国在朝鲜的战争。贺龙下令将其彻底消灭。这时，郭林祥命令阿坝保安司令华尔功成烈发挥他的影响，动员壤口、墨洼一线的土兵巡逻，防止傅匪等北窜阿坝或若尔盖草地。华尔功成烈立即动员土兵进入指定地点巡逻、游动。

　　在黑水剿匪取得初步胜利之际，9月初，黑水各族各界召开了代表会议，拟成立黑水县县级政权。就在这时，西南军区为会议空投了必备物资，其中投下了两箱注明是贺龙司令员奖励轻装师部队的苹果。另外还附有贺龙司令员给该师指战员的一封亲笔信：“欣悉你们的仗打得不错，特别嘉勉，特送来两箱苹果，以示嘉勉之意。”

　　这两箱苹果空投到黑水后，郭林祥指示，全部送给轻装师。轻装师又把这两箱苹果分赠给前线指挥部和各友邻部队。但转来转去，分得苹果的同志谁也没尝一口，又悉数转送到各医院的伤病员手中。然两箱苹果体现了贺龙言出必行的作风和深深的爱兵之情，这两箱苹果对苦战在山区的指战员鼓舞很大，并传为佳话。

　　傅秉勋于黑水漏网后，即带着他的警卫连连长陈万林于8月下旬进入草地。贺龙下达了“擒贼擒王，跑了傅匪，只能算战役胜了一半儿”的命令。傅匪入草地不久，即被当地土兵活捉，傅匪在押送途中，快到查理寺时畏罪跳河自杀。

　　当郭林祥签发的傅匪亡毙的电报上报到西南局和中央后，10月1日在北京出席国庆三周年阅兵大典的贺龙接到这份电报，他在天安门城楼上亲手呈交给了毛泽东主席。毛主席看完电报，喜悦地对贺龙和邓小平说：“黑水战役，已经取得军政双胜。”毛主席又说：“乾隆平定金川之乱，历时15年；川军3次进军黑水皆败。历朝历代没有解决的黑水问题，我们只用3个月就解决了。”

　　至此，黑水地区的土匪全部肃清。黑水之役共歼匪3635人，缴获各种枪支3935支（挺）。

　　台湾蒋帮在黑水空投成功后，又接连空降了特务郭秉修，郭即随马步芳残部马硕卿、马得福到川甘边，还空降了特务石龙，石龙即随邓戈夫、王泽朗到松岗，之后，空降了特务林德铭，林即随刘华初到草地唐克部落。郭秉修与马硕卿、马得福到甘川边后，迅速集结了马家势力残余2000余人，在郎木寺、拉卜楞寺、铁布沟一带，猖狂活动，他们杀人越货、围攻区、乡政府。西南军区决心歼灭这股匪徒。1953年3月，贺龙命令郭林祥与西北军区部队一起，发动了草地剿匪战役。郭林祥的指挥所设在了麦桑格尔底寺附近华尔功成烈来寺庙念经的小官寨里。四川藏族自治区人民政府主席天宝、自治区工委书记任道明等随部队参战。华尔功成烈亦以自治区副主席的身份指挥阿坝地区人马在南线阻击马良股匪。

　　在战役开始前，马良即三番五次派人与华尔功成烈联络，遭到了华的拒绝。

　　战役开始后，马良再次派马步芳胞弟马得福到阿坝与华联络。当马得福接近阿坝时，见解放军已于南线展开，赶紧回去向马良复命。马良见进入阿坝无望时，即企图利用白河组织顽抗。然与剿匪部队激战仅2个小时，马良股匪最精锐的500多人即被全歼，仅马良、马硕卿、马得福等少数叛匪逃跑，战斗胜利后，贺龙、邓小平发电表彰参战部队，亦表扬了华尔功成烈。

　　傅秉勋在黑水叛乱失败投河自毙后，华尔功成烈立即将此消息派人告诉周迅予与何本初等，目的是要周、何等不要乱动。

　　马良、马硕卿等股匪与台湾毛人凤联系后，毛一再指示马良等迅速与周迅予接头，并明确指出周等受到华尔功成烈的保护。周、何的情况是唐克部落士官华尔谦向台湾报告的。马良即派了军统在兰州站的副站长前往，在热耳茸附近一个寨子里见到周等。周等说要长期潜伏，等待时机。华尔功成烈很快知道马良派人见周事，遂迅速把周迅予、何本初、王旭夫、毛兆兴、陈懿鼎等7人接回阿坝。当郭林祥率指挥所进驻阿坝时，华尔功成烈又把周迅予等转移到离官寨40华里的南山牛场。后华又恐周等人有失，遂再将7人接回他的官寨保护。这时郭林祥等党政军领导经常出入华的官寨，华恐7人目标过大被发现，遂令特尔多龙把毛兆人、陈懿鼎等4人佯称转送果洛白衣寺潜藏，而于途中乘夜色将4人杀死。周、何、毛3人仍匿藏于华的5层官寨大楼的底层仓库。而2楼即为华的客厅，各族各界剿匪生产座谈会即于此召开。

　　当时，郭林祥等知道周迅予等匪首藏在阿坝一带，受到华尔功成烈的保护，但不知藏于何处，但为了促华觉醒和尊重华的自尊心，大家在华的面前绝口不提周匪等。6月初，周迅予之子、藏在热尔茸森林里的周健全因与警卫连长发生内讧，警卫连长向剿匪部队供出了周的藏身处，周健全被活捉。郭林祥及时向华尔功成烈通报了此情，同时把部队将远程奔袭、以配合西北部队活捉马良的行动告诉了华尔功成烈。华经过思想斗争，最后下了决心，向天宝道出了藏匿周等3匪的实情。天宝即陪华去见郭林祥。郭林祥听了，激动地握着华尔功成烈的手说：“华副主席，您为剿匪立了大功，我代表全体来前方剿匪的指战员向您祝贺！”

　　就在华交出周、何、王三匪首的当天，草地叛匪一号头目马良、二号头目马硕卿被解放军活捉，郭秉修等三名空降特务被击毙。至此，草地剿匪战役胜利结束。