1961年3月，国务院公布遵义会议会址为全国第一批重点文物保护单位。 1964年2月，省委、省政府决定对会址进行全面大维修，在外形恢复原状的原则下，采取整体脱落，原状安装，重新修复的方法。工程于1965年上半年竣工。维修工程总的来说是高质量的。可是，在维修过程中，按照当时省委一位负责同志的个人意见，未经上级文物管理部门批准，就把会议室加宽了0.8米，使面积由原来的16 . 20平方米，扩大为21 . 00平方米。对此，文物、博物馆学专家罗歌曾经指出：“任意扩大召开政治局扩大会议会议室的作法，显然是错误的，应作为教训，记录存档，以告知后人，这是不符合1961年4月公布的《文物保护管理暂行条例》第十一条规定的。”

    会址维修工程即将竣工时，毛泽东应贵州省和遵义地区领导请求，题写了“遵义会议会址”六个大字。遵义会议纪念馆按毛泽东手书的字放大，用优质木料精工制成大匾。会址维修工程竣工后，这块大匾即高悬在会址大门上，至今已46年了。竣工后在布置会议室时，又按省委那位负责同志的意见，改变了维修前陈列的状况，在屋子正中安放一张板栗色长方桌，四周整齐地围着一圈（共十八张）木边藤心摺叠靠背椅。室内墙上挂出当时党中央主席毛泽东、副主席刘少奇、周恩来、朱德、陈云、林彪的照片，后又加上总书记邓小平的照片。还根据调查材料，楼下复原陈列了作战室、参谋人员住室及警卫班室。在跨院复原陈列了周恩来、朱德住室及警卫员室，同时把会址东侧原房主晒酱台旁的小楼，恢复为电台室和电台工作人员住室。后根据当年红军总部三局局长王诤参观会址时说：“电台室不可能设在总部机关内”的意见，将电台室拆除。又根据调查材料，复原为总部厨房。

    遵义会议会址经维修和重新布置后，前来参观的群众络绎不绝。可是好景不长，1966年开始，文化大革命运动在全国逐渐展开，由于“四人帮“别有用心地煽动，极左思潮泛滥，他们大搞现代迷信，这就使得遵义会议纪念馆不可避免地在宣传陈列中，出现了歪曲历史，宣扬唯心史观的情况，为个人崇拜泛滥起着推波助澜的作用。使经过10年艰苦创业正走向健康发展道路，已有一定规模的纪念馆事业，遭受到严重的挫折和破坏。

    随着文化大革命的进展，会址的陈列也不断修改。变化最突出的是会议室。1966年最先把邓小平的照片取下，接着把刘少奇照片取掉，1967 年开始，会议室只挂毛泽东一人的照片，并在照片两侧增展两块毛泽东语录牌。1971年，不知何故把这两块毛泽东语录牌又摘下，只挂毛泽东的照片。在此期间，跨院的朱德住室也被拆除。

    1968年至1972年2月，会址内的辅助陈列也作了三次大修改，修改的指导思想是在陈列中突出党内两条路线斗争，突出毛泽东个人的革命活动和历史作用。不仅如此，在会址主楼临街大门上，用霓虹灯管制作了大标语“毛主席的革命路线胜利万岁”，并在大门楼顶正中树起了高高的铁旗杆，两旁还有10根插彩旗的旗杆。会址内外墙上、柱子上也挂满毛泽东语录牌。整个环境的历史气氛受到严重损坏。

    1970年10月4日，省核心领导小组还决定将遵义市劳动人民文化宫（现凤凰文化广场）一部分房子，作为“遵义会议陈列馆”。 经维修后，陈列馆于1972年1月8日半开放，年底正式对外开放。开放后，会址内的辅助陈列拆除。

    遵义会议纪念馆在“文革”时期的许多教训可吸取，需要认真总结。尽管如此，仍然做了不少有益的工作，不间断地派出业务人员在长征路上系统调查研究，比较深入地了解和掌握了长征及遵义会议情况，进一步充实了馆藏文物资料。

    党的十一届三中全会从根本上打破了长期“左”倾错误对人们思想的束缚，恢复了党的实事求是的思想路线。 中共中央连续发表十一届五中全会通过的《关于党内政治生活的若干准则》、《关于少宣传个人》的指示，特别是十一届六中全会通过的《关于建国以来党的若干历史问题的决议》，对遵义会议纪念馆的陈列宣传和研究工作，具有重要的指导作用。

    1979年下半年，为纪念遵义会议召开45周年，遵义会议纪念馆在上级党委、政府的支持、关心下，着手对会址的陈列进行修改。这次修改的指导思想是，应把“文革”中被歪曲的史实拨乱反正，正本清源，实事求是地宣传遵义会议和毛泽东等一批老一辈革命家的历史作用；并坚持革命旧址必须严格遵循“保持原状”和“存真”的原则，拆除会址内外的毛泽东语录、大标语牌及旗杆等严重影响环境和历史气氛的附加物。

    然而，这本是小小的修改和复原工作，却有人斥责为“砍旗”而遭到反对。这时，正逢新华社两位记者到馆采访纪念遵义会议召开45周年的准备工作，当得知这个情况后，明确表示支持纪念馆业务人员的意见，并写了《发生在遵义纪念馆里的一场激烈争论》很快在新华社编的《内部参考》刊载，旗帜鲜明地赞赏馆里业务人员解放思想，实事求是的工作态度。1980年1月8日，在上级党委和新华社记者支持下，纪念馆第一次较准确的、科学的在会议室南墙上挂出了毛泽东、周恩来、张闻天、王稼祥、秦邦宪、 陈云、刘少奇、朱德等八人的历史照片，会议桌及周围的木边藤心折叠靠背椅，由于十五年来的陈列宣传，已在人们印象中留下深刻印象，就未恢复到会议室陈列初期的原状，只是增加了两把靠背椅。并在会议室走廊墙上，挂出了出席遵义会议二十位同志的名单及当时担任党内外职务的说明牌。同时，还第一次在新城毛泽东住处的楼内复原陈列了对遵义会议的成功作出了杰出贡献的张闻天，王稼祥住室。经过修改后陈列展出，受到广大群众的欢迎。1月 9日，新华社即以《遵义会议纪念馆恢复了历史的本来面目》为题，在《贵州日报》头版头条登出，连续几天，全国 10多家省级以上报纸，均用醒目标题转载，甚至海外的几家电台，也及时地播发了这一消息。新华社在报道中对这次修改、展出，给予很高评价，认为“遵义会议纪念馆作了大量史实考证和调查研究，打破了长期以来党史研究领域里的一些禁区，清除了林彪、‘四人帮’极左路线的影响，澄清了一些重大问题，他们努力按照历史的本来面目反映遵义会议的历史……”

    会议室挂的照片变化和张闻天、王稼祥遵义会议期间住室的复原展出，以及会址内外标语口号的拆除，为纠正“文革”及其以前“左”倾错误，冲破“两个凡是”方针的禁锢，解放思想，贯彻我党重新确定的实事求是的思想路线起了不可低估的作用。

    1983年，根据多年来的调查研究材料，在会址主楼陆续复原陈列了刘伯承、杨尚昆、彭德怀、刘少奇、李卓然、彭雪枫及参谋人员住室，使原来空荡荡的大楼，基本上恢复了当年的原貌，观众来也有物可看了。在此前后，根据访问康克清以及当年周恩来的警卫魏国禄、范金标在会址反复回忆，把过去弄错位置的朱德、周恩来住室在楼上复原展出。

    1984年红军总政治部旧址修复，并在旧址内辟“遵义会议辅助陈列室”，将原“遵义会议陈列馆”拆除。同时把会议室毛泽东等八人的照片在辅助陈列室中展出。11月，邓小平题写了“红军总政治部旧址”几个大字。1985年1月，红军总政治部旧址、遵义会议辅助陈列室对外开放。

    1988年，会址南侧的跨院，复原了红军总司令部作战局机要科旧址。于8月1日对外开放。这次复原陈列，是纪念馆自十一届三中全会以来为恢复会址历史原貌所作的一系列努力之一。至此，遵义会议会址整个复原陈列工作便大体完成。

    改革开放三十多年来，是遵义会议纪念馆迅速发展时期，现属全国重点文物保护单位遵义会议会址的组成部分有：遵义会议期间毛泽东、张闻天、王稼祥住址，红军总政治部旧址、秦邦宪住址、中华苏维埃国家银行旧址、红军警备司令部旧址等，已形成颇具规模的纪念体系。最近几年来，红军烈士陵园划归了纪念馆，2004年新建“遵义会议陈列馆”、2007年“红军街”开业，使以遵义会议会址为中心的纪念体系不断蓬勃扩展，成为贵州乃至全国的红色旅游胜地。