面对经济战线上出现的浮夸风，贾拓夫对许多数字持保留态度。尤其是对当时的大炼钢铁和其它一些大项目，他要求不能只算政治账、技术账，还要算成本账，被人说成是“保守派”和“算账派”。对于小高炉土法炼钢，他认为是质量低劣，浪费极大。对当时的许多项目的组织生产和管理经济的做法，他直言不讳的提出意见。通过实际调查，他认为上级指定的4000万吨钢产量指标有很大虚夸成分，是完不成的。

    1959年4月，贾拓夫在中共中央上海会议上，对钢产量达到1650万吨的指标仍坚持提出异议。冒着“右倾保守”的风险，贾拓夫在计委内部布置测算了另外两个指标较低的方案，供中央选择。在计委机关的一个干部会上，贾拓夫作了个“说老实话”的学习心得报告。贾拓夫的一些正确意见，不但没有被采纳，反而被认为是和党中央唱对台戏，并把他的那个“说老实话”的心得报告作为毒草来批判。

    1959年7月1日，贾拓夫参加“庐山会议”，担负着起草编制1960年计划意见的任务。彭德怀在西北组说：“我们党内真正懂经济工作的人不多，陈云是一个，贾拓夫是一个。”

    1959年9月，贾拓夫被错定为“右倾机会主义分子”，撤销了国家计委第一副主任、党组书记职务，下放到基层工作。1962年初，在七千人大会上，贾拓夫的“右倾”帽子被摘除，但新的打击又来了。

    1962年8月26日至9月23日，中共中央在北京召开了中国共产党第八届中央委员会第十次全体会议的予备会议，解决农业、商业、工业、计划和党的团结等问题。康生在会上提出要打“西北山头”，说李建彤写的历史小说《刘志丹》有严重的政治问题，习仲勋、贾拓夫、刘景范等人曾为小说《刘志丹》提出过意见，是利用小说反党，为高岗翻案，是个“反党集团”(中共中央已于1980年为所谓“习仲勋反党集团”正式平反)。贾拓夫被送到中央党校“改造”，经彭真提议，贾拓夫被留在北京，安排在石景山钢铁厂工作。

    文化大革命刚一开始，贾拓夫就被造反派揪出来示众。造反派指着贾拓夫的鼻子说：“彭德怀那么欣赏你，彭德怀有问题，你当然也有问题!”。1966年12月，康生在林彪主持的会议上给贾拓夫定性：“陕北的那个贾拓夫是一个老反党分子!”。于是，他曾经工作过的陕西省、轻工业部、国家经委、计委乃至清华、北大、轻工业学院、地质学院、南开大学、天津大学等处的造反派，络绎不绝地杀上门来。

    1967年5月7日，苗圃工人在北京西郊八角村的小树林里发现了卧倒在树下的贾拓夫，他已经没有了呼吸，没有了脉搏。贾拓夫的妻子(白茜)带着儿女要求见亲人最后一面，茫然地站在阴雨里，凄苦地等到天黑，也没能见到贾拓夫的遗容。直到十天之后，他们才被通知到太平间去见贾拓夫的遗体，胳膊上和小腿上都有伤痕。最终，贾拓夫的遗体也莫名其妙地永远消失了!

    1979年3月31日，中共中央做出决定，为贾拓夫平反昭雪，恢复名誉。1980年3月20日，贾拓夫追悼大会在北京中山公园举行，华国锋、叶剑英、邓小平等领导同志敬献了花圈。

    悼词中写道，贾拓夫同志是中国共产党的优秀党员，在几十年的革命斗争中，在党的领导下，为中国各族人民的解放，为社会主义和共产主义奋斗不息，贡献了毕生的精力。在经济工作方面，贾拓夫同志具有深湛的理论修养和丰富的实践经验，是我国经济战线上有独到见解、有才干的领导人之一。

    贾拓夫对中国革命和建设的贡献是不可磨灭的，他是中国共产主义青年团神木支部和中国共产党神木支部的发起人，是陕北革命根据的创建者，是中央红军长征的引路人，是陕北“肃反”的直谏者，是中共治国理政的智多星。毛泽东对贾拓夫开始极为赞赏，说他是“党内贾宝玉”“陕北的才子”。