第100部队的营区建筑布局在很多方面与哈尔滨的平房相似，有数十幢楼房，每幢之间相隔20—30米，其中2层高6米的司令部大楼占地720平方米：东西宽12米，南北中轴线长60米。地下室和一楼都是实验室，其中实验室与另一地下建筑即能纳30—40个犯人的囚室相连。第100部队的办公室在二楼，它与很多地下通道相通，联结着各处的实验室和众多豢养实验动物的房舍。另外，营区还有3个红砖砌的大型马厩，每个马厩养着50匹马，或牛羊，一些较小的房舍里养着老鼠、地松鼠等。营区里还有三个焚尸炉等。

　　第100部队的内部结构与731部队类似，它分为第一至第四部和一个总务部。第一部负责研究马和各种动物的血液。第二部主要进行细菌战研究，它本身又分为5个分部：细菌生产、牲畜病毒研究（主要是鼻疽、羊痘和牛瘟）、管理和生产实验用动物、有机化学（重点研究杀人毒药）和农作物病毒研究（1943年12月，若松又建立了第六分部，即专门研究细菌武器的散布系统）。第三部负责制造血清，第四部负责资材补给，并协助第二部的工作。总务部负责规划和总体研究问题，同时管理一个大型农场。第100部队主要生产炭疽、鼻疽、鼠疫和马鼻疽4种病原体细菌。每年可生产1000公斤炭疽菌、500多公斤鼻疽菌和100公斤锈菌。另外，还生产大量的化学除草剂。

　　第100部队先后在大连、海拉尔、拉古、克山、密山、鸡西等地建立了支队，侧重研究在野外大量使用各种细菌和烈性毒药大规模杀害牲畜和人的方法及其效果，其试验范围南到广东，西到西安及古丝绸之路上的一些城市；近及长春市内及其周围地区；北至满州里、内蒙古与苏联的边界及至西伯利亚地区。

　　3、建立在南京的荣第1644部队。于1939年4月18日在南京建立，对外的公开名称是“中支那防疫给水部”，或“多摩部队”。这是石井四郎建立的第三个主要的“杀人工厂”。石井四郎选中增田知贞为南京新建细菌部队的代理部长，增田知贞1926年毕业于京都帝国大学医学院并同时投身日本陆军，1931年获京都帝国大学医学院微生物学博士学位。1937年9月，他担任了石井四郎细菌部队的一个下属机构大连临时防疫所的负责人，并成为石井四郎的高级助手。

　　荣第1644部队位于南京市中山东路的一所原6层楼高的中国医院内，其司令部的司令官的办公室和各个行政管理办公室即在大楼中。有一座处理实验动物和人的遗体的焚尸炉。营区内的另一座4层楼房是副楼，它是1644部队的核心“秘密”所在，里边是各个研究设施和关押细菌实验用“犯人”的囚室。其中，一楼是研究实验室，主要生产霍乱、斑疹伤寒和鼠疫菌。二楼是饲养和繁殖大量虱子、跳蚤、小鼠、大鼠、地松鼠等各种实验动物。三楼主要是各个研究实验室。四楼囚室可容纳100名“犯人”，用于细菌、毒气实验之用。荣第1644部队所辖人数最多时有1500人。

　　荣第1644部队与第731部队一样，研究已知的所有疾病，但主要侧重于研究霍乱、斑疹伤寒和鼠疫，另加蛇毒、河豚毒、氢化物和砷。荣第1644部队在规模上比731部队和100部队都要小，但却有巨大的细菌生产能力，它的主要细菌培养室拥有2个自闭筒，有200个石井式培养器，60个科哈式锅炉和100只繁殖跳蚤的汽油桶，一个生产周期能生产10公斤细菌。从1941年起，荣第1644部队与设在神奈县川崎市的日本陆军第九研究所合作，进行各种各样人体实验毒素的研究，“九研”派来一名技术科长带着7名技术专家乘船来到南京，并增加毒气、化学武器实验。此外，荣第1644部队还承担每年培养300名胜任细菌战的细菌专家。据原第1644部队参加过人体实验的几位“军医”供认：每星期都有10—20人被用来做毒剂、细菌和各种毒气实验，进去的就没有一个能活着回来的。那么，从1939年4月到1945年8月，荣第1644部队共抓捕6,080人被用来做毒剂、细菌和各种毒气实验，而后身亡。