第一部是研究部，主要从事鼠疫、霍乱、副伤寒、赤痢、炭疽等病毒的研究，并用活人做实验。据此特负责管理关押400人的秘密监狱；第二部是实验部，主要进行有关细菌炸弹的开发和测试，并负责培育和繁殖供散布瘟疫的寄生虫，如跳蚤、田鼠等；第三部是名为防疫给水部，主要负责医院管理和净水处理，实际上是被分配制造细菌炸弹，地点设在哈尔滨市内；第四部负责管理生产病原菌的设备和储存与保养随时生产出来的细菌；第五部即教育部，负责731部队新队员的培训。其成员经常是按例定期从日本本土调到平房或各支队的，石井四郎在平房基地为日本培养了数千名细菌战干部；第六部为总务部，负责平房设施的事务。第七部为资材部，主要制造细菌炸弹，同时负责准备和保管材料，包括制造病原菌必不可少的琼脂。第八部为诊疗部，负责731部队队员的一般疾病的治疗，它相当于平房的医务所。

　　第731部队拥有当时世界上最先进的研究设备，包括4个制造细菌培养基的容积各1吨的大罐，14个培养基灭菌用的生物压力锅（即自闭缸,每个自闭缸一次可容纳细菌培养器30个），及可收纳100个细菌培养器的2个冷库等。原731部队生产部长川岛清少将在伯力军事法庭供认：该部可以“每月制造300公斤鼠疫菌，500—600公斤炭疽菌，或800—900公斤的伤寒、副伤寒、赤痢菌，或1,000公斤霍乱菌。

　　据原第731部队细菌生产部长川岛清在1949年12月伯力军事法庭供认：“731部队每年因烈性传染病实验而死的囚犯人数不下600人”。仅他本人1941年至1945年的5年任职期间，被用作人体实验而杀害的中国人、朝鲜人、苏联人和蒙古人等，至少在3000名以上。1932年至1940年又用了多少人做试验呢？按每年600人的保守数字计算，应是5400人左右。这样，第731部队在整个侵华战争期间用于细菌、毒气实验而杀害的中国人、朝鲜人、苏联人和蒙古人等，应不少于8,400人。确切的数字有待于进一步研究。可以说，第731部队是日本军国主义在中国建立的全世界规模最大的生物武器试验基地，也是世界上规模最大的一支细菌战部队。

　　2、建立在长春的第100部队。于1936年春组建，对外称“关东军军马防疫厂”，地点设在长春城南6公里处的孟家屯，占地面积约20平方公里。1941年6月改称第100部队，它一直由职业军队兽医若松有次郎少将领导。表面上是为了研究关东军所用马匹和其他有用动物可能感染的各种疾病，实际上是从事细菌战研究的另一座杀人工厂。

　　第100部队的营区建筑布局在很多方面与哈尔滨的平房相似，有数十幢楼房，每幢之间相隔20—30米，其中2层高6米的司令部大楼占地720平方米：东西宽12米，南北中轴线长60米。地下室和一楼都是实验室，其中实验室与另一地下建筑即能纳30—40个犯人的囚室相连。第100部队的办公室在二楼，它与很多地下通道相通，联结着各处的实验室和众多豢养实验动物的房舍。另外，营区还有3个红砖砌的大型马厩，每个马厩养着50匹马，或牛羊，一些较小的房舍里养着老鼠、地松鼠等。营区里还有三个焚尸炉等。

　　第100部队的内部结构与731部队类似，它分为第一至第四部和一个总务部。第一部负责研究马和各种动物的血液。第二部主要进行细菌战研究，它本身又分为5个分部：细菌生产、牲畜病毒研究（主要是鼻疽、羊痘和牛瘟）、管理和生产实验用动物、有机化学（重点研究杀人毒药）和农作物病毒研究（1943年12月，若松又建立了第六分部，即专门研究细菌武器的散布系统）。第三部负责制造血清，第四部负责资材补给，并协助第二部的工作。总务部负责规划和总体研究问题，同时管理一个大型农场。第100部队主要生产炭疽、鼻疽、鼠疫和马鼻疽4种病原体细菌。每年可生产1000公斤炭疽菌、500多公斤鼻疽菌和100公斤锈菌。另外，还生产大量的化学除草剂。