罢官后仍积极参与变法运动,便下令通缉他。文廷式得到友人救助,由香港逃亡日本。光绪二十六年(1900年)夏天,文廷式听到八国联军侵华的消息,毅然放弃日本学术界给他的优厚待遇,匆匆赶回上海,参加了维新派唐才常在英租界张园召开的中国国会,并把希望寄托在自立军起义的成功上。但在11月间,自立军总机关被破坏,唐才常遭到秘密杀害,自立军起义失败。文廷式的爱国行动再一次受到沉重打击。
光绪三十八年(1904年)8月,文廷式终因壮志难酬,抑郁苦闷,在萍乡城花庙前的家中与世长辞,年仅49岁。他去世后,被安葬在杨岐山普通寺后的半山腰。现在那里还有他的墓地,不少游人向他拜祭,敬仰他始终不渝的爱国热忱和不畏权势,敢于斗争的浩然正气。
文廷式学问渊博,撰述宏富,有《云起轩词钞》、《云起轩诗钞》、《文道希先生遗诗》、《纯常子枝语》、《补晋书艺文志》、《闻尘偶记》等著作传世。
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