一是，1959年7月11日晚，毛泽东找周小舟、周惠（湖南省委书记）、李锐（水电部副部长、毛的兼职工业秘书）谈话，主要内容是：综合平衡过去搞得不好；这次会什么都可以谈；去年农业估产过高，国乱思良将，家贫思贤妻。谈话气氛轻松活泼，常有笑声。在毛泽东讲去年“估产过高”时，周小舟插话说：“高指标是‘上有好者，下必甚焉’”。这句很有分量的话，毛泽东因为当晚高兴，并未觉得刺耳。可是后来彭德怀的“意见书”出现后，毛泽东就认为周的这句话表明他是与彭一起“反上”的。后来（8月15日），毛泽东还把这句话作为反对他的话，写进了一个批示中。

　　第二件事，更加深了毛泽东对周小舟的不满。7月12日，毛泽东与周小舟等谈话的第二天，他们就把谈话的情形向彭德怀讲了。彭听后说，他正要给主席写一封信（即后来的“意见书”），周表示支持。这件事被视为串通支持彭德怀上书，是一个“集团”的。甚至作为彭德怀“有组织、有计划、有预谋”“攻击党”的证据。

　　第三件事，7月16日，毛泽东把彭德怀的“意见书”批给大会讨论。周小舟本着“什么问题都可以谈”的精神，较早地发言，基本同意彭信中的意见。

　　第四，特别是7月23日晚，周小舟等到黄克诚住处聊天。不久，彭德怀也不期而至。有人看到后报告给了中央主要负责人。中央认为这是“地下串联”，还追查出他们在聊天中讲了些对毛泽东不满的话，如说毛泽东有些像斯大林晚年等。

　　有了以上四件事，周小舟就被定为彭德怀的人。彭受冤，遭批斗，他也就在劫难逃了。此间，还有人提出要追查“湖南集团”问题。

　　批彭开始后，毛泽东一方面对周小舟非常不满和失望，另一方面也觉得惋惜，想要“挽救”他。所以，7月31日和8月1日的政治局常委会议，都让周小舟、黄克诚、周惠、李锐等四人列席，以便使他们“受教育”，站到“正确”方向来。并且两次常委会议后，毛泽东都把他们留下来再谈一阵。说明让他们列席会议是为了受教育，希望他们不要再受彭德怀那封信的影响。

　　毛泽东对争取周小舟看得更重些。除了谈话外，8月1日晚10时，毛泽东专门给周写了一封信。送上几句勉励他改正错误的话，毕竟周小舟做过他的秘书，而且刚刚陪他去过韶山。信中说：“‘迷途知返、往哲是与，不远而复，先典攸高’，几句话见丘迟与陈伯之书。此书当作古典文学作品，可以一阅。‘朱鲔喋血于友于，张绣割刃于爱子，汉主不以为疑，魏君待之若旧’两个故事，可看注解。”信的末尾，还嘱咐说：“如克诚有兴趣，可一阅。”8月2日、13日，周小舟两次给毛泽东写信，表示承认错误，同时又说对他的批评与事实有出入。

　　但是，庐山会议最后还是对彭德怀、黄克诚、张闻天、周小舟进行了多次大会小会的批判，被定为“反党集团”（即“军事俱乐部”）。决议作出后，这四个人在巨大压力下，分别致信毛泽东，违心地表示接受。在8月16日召开的八届八中全会闭幕会上，毛泽东作了长篇讲话。其中又提到周小舟说：“今天小舟你赞成这个决议，我很高兴。今天以前我还相当悲观。你这个人，我跟你讲过，你是民主人士，你是挂着共产党招牌的民主人士。”周小舟听了，泪往心里流。

　　8月17日，周小舟受到了“撤销中共湖南省委第一书记职务，保留省委委员，以观后效”的处分，下放到浏阳县大瑶公社，担任党委副书记。

　　1962年6月，周小舟调到广州，任中科院中南分院副院长，名列最后，不参加党组。“文革”中，周小舟遭受残酷迫害，于1966年12月25日晚，在广州不幸逝世，年仅54岁。

　　周小舟没有看到那场动乱的结束，没有听到1978年12月中共十一届三中全会以及六中全会“历史问题决议”为他的“庐山冤案”平反昭雪，也没有为我们留下与毛泽东交往的回忆文字。但我们可以肯定，他在九泉之下一定会为今日之中国高兴，会为认识毛泽东并在他领导下为革命奋斗一生而感到欣慰，尽管其间也有过不愉快。

　　遵照中央指示，1979年5月30日，广东、湖南两省党、政、军各界千余人，在广州为周小舟隆重举行追悼会，杨尚昆主持，习仲勋致悼词，称他的一生是忠于党、忠于人民的一生，是真正的无产阶级战士。6月1日，周小舟的骨灰由领导同志及其家属护送至北京。中央领导同志在机场迎接并送往八宝山革命公墓安葬。这些情况，都在《人民日报》刊发。