1949年初，蒋介石迫于全国形势的变化与发展，宣告“引退”，退居幕后，表面上由副总统李宗仁代行总统一职。李宗仁就职后，宣布了多项举措，其中之一就是宣布释放政治犯。不久，重庆《中央日报》刊登了李宗仁立即释放张学良和杨虎城的命令，不久，李宗仁派出了一架飞机飞往重庆专门去接杨虎城。然而，掌管保密局的特务头子毛人凤拒不执行，重庆市长杨森也声称不知杨虎城被关押在哪里。重庆报纸为此发表了《杨虎城将军在哪里？》的文章，对国民党政府进行质问。事实上，由于蒋介石不同意释放，其时杨虎城已被移往贵州囚禁。

　　1949年9月17日，重庆解放前夕，杨虎城被国民党特务秘密杀害于重庆松林坡戴公祠，终年56岁。次子杨拯中以及秘书宋绮云、徐林侠夫妇和他们的儿子宋拯中也同时被害。1949年11月30日重庆解放后，第二野战军立即派人调查杨虎城等人的下落。经过审讯已逮捕的特务，得知杨虎城已遭杀害，后来人们在“戴公祠”内的花台下面找到了杨虎城遗体。12月1日，中共中央和中央人民政府接到重庆军管会的电报后，立即向杨虎城的家属发出唁电。12月24日，杨虎城的亲友和家乡人民在陕西蒲城举行了公祭仪式。

　　1950年1月15日上午，杨虎城的家属和旧部、生前好友在第二野战军的帮助下，在重庆市中华路青年馆布置了一座灵堂，为杨虎城将军入殓。中共西南局在挽联中写道:“西安义举，振奋全国；重庆成仁，永垂不朽”，高度评价了张、杨“西安兵谏”义举的功绩，表达了对杨虎城将军不幸遇难的哀痛。西南军政委员会刘伯承、邓小平、张际春等负责人亲临致祭，参祭的还有各民主党派、人民团体和新闻界人士共1000余人。

　　公祭后的第二天下午，人们又将杨虎城将军和其他殉难者的灵柩从嘉陵江畔磨儿石码头抬上庆华轮，并于1月24日由武汉运抵西安。