1939年日军侵琼占领海口以后，严鸿蛟回乡组织国民党抗日游击队。此时的严鸿蛟表现出了一定的民族气节。琼崖伪政府及伪军大队长林芳梧等人，多次拉拢他加入汉奸组织，出卖祖国，他始终不同意。他带领海口的国民党军统组织开展抗日斗争，多次伏击日伪军。日伪军大队长林芳梧对他十分恼怒。1940年2月春节期间，严鸿蛟带领军统特务组织在东营新市墟与林芳梧部争夺枪支时被当场打死，用一个还算光彩的句号结束了一生。