日军总部命令立即追捕。日军各部队立即组织搜索队与清山队，在南京城内外进行大规模的搜捕。8月8日上午10时许，日军第1063部队的清山队在句容县境山区一户农家房子里，发现了6名出逃日军士兵正在休息做饭，立即将他们包围逮捕，送回南京。

    多名日军士兵武装出逃、投奔中国抗日部队的事件极大地震动了驻南京的日军当局。他们既恐慌又暴怒，迅速对这些反叛的士兵进行了严厉的惩处：福岛康雄等6名出逃士兵于8月10日被枪决；其余12名曾参加制订出逃计划但未能参与出逃行动的士兵，被判处5年徒刑。日“中国派遣军”总司令部下令将对这18名日军士兵的判决书印发给日军各部队指挥官，以弹压士兵的反叛行动，加强对部队的控制，同时严令封锁此事外传，以防止南京等日占区人心浮动。

    但纸里包不住火。1945年1月，苏北新四军第2师黄克诚部直属特务团在响（水口）涟（水）公路伏击战中，缴获了日军的许多文件，其中就有日军军事法庭对18名日军士兵的判决书。