1958年总干部部合并于总政治部，为总政干部部。1961年，徐立清身体己有好转时，罗荣桓提请中共中央批准，任命他为总政治部副主任，仍然分工主管全军的干部工作，也兼管过保卫、组织、联络、群众、民兵和国防科委的政治工作。为了加强对科技干部的管理，1964年中共中央军委决定，在总政干部部和各大军区、军兵种干部部门，增设科技干部管理机构。在徐立清的主持下，总政治部随即发出了《关于加强科技于部管理工作的通知)，建立了实行职务名称的制度。从此，对科技干部的管理开始走上了轨道。为了加强民兵政治工作，在徐向前元帅的领导下，于1965年7月召开了全军民兵工作会议。徐立清参加了这次会议，并在会上作了发言。会后中央批转了由徐立清主持起草的(民兵工作会议纪要》。这一文件对指导民兵工作、加强战备起了推动作用。

    徐立清重新工作以后，即着手调查研究全军干部及干部工作的变化情况，针对存在的问题，提出了不少改革意见和措施。他领导并亲自组织对《军官服役条例)进行修改，此条例于1963年提请第二届全国人民代表大会常务委员会第102次会议通过，由国家主席刘少奇明令公布。这期间他狠抓于部工作的各项条例的贯彻落实，并提出这是干部工作的中心任务。

    1962年，在广州的军委扩大会议上，徐立清发言强调干部不应成为“一饵死水”，要有进有出。为了“出”好，他提出要根据干部的不同情况，分别做转业、复员、退休、离休安置。为了“进”好，他提出，一是要选好基层干部，并形象地说，这是“选好苗子”，“苗优才能禾壮”。只有把基层干部选好了，干部队伍特别是各级领导干部提高了素质，才能有可靠的保证。二是要选好各级领导干部的接班人，以便进行新老交替。他主张选拔接班人要破除单纯的资历观点，主官干部可以在同级副职中选，也可以从下级正职中选，特别优秀的，需要时也可以越级提拔。这年的年底，总政治部提出了要妥善安置年老体弱的老干部和选拔培养接班人的问题。在全军政治工作会议上，又专题讨论了培养接班人的问题。同年底，徐立清主持召开全军干部工作会议，重点解决选拔培养接班人的问题。毛泽东关于接班人间题的讲话发表之后，把培养接班人的问题，推向了一个新的高度。到1964年上半年，全军新提拔的军长、政委，约占同职人数的四分之一；新提拔的师长、政委，约占同职人数的三分之一，开始打破了论资排辈的框框，一些单位开始出现了40岁以下的师长、政委，35岁以下的团长、政委，刃岁以下的营长、教导员，25岁以下的连长、指导员。军队选拔接班人的工作初见成效。

    七、身处逆境，实事求是：保护周总理

    徐立清一生坚持实事求是。1965年9月，徐立清到江西萍乡参加“四清”。他带病在农村做调查研究，并同农民一起劳动。他用毛泽东思想教育团结农村干部和群众，反对“左”的做法，坚持实事求是，以理服人，整顿了农村党的组织和政权机构，提高了农业生产，因而得到了好评。同年底的一天，徐立清突然被召回北京。事后得知是因所谓“罗消卿问题”。随后不久“文化大革命”开始了。

    此时，军队干部工作已基本走上了正常轨道，干部有进有出，干部的选拔、使用、培养、交流和安置老干部、培养接班人，以及干部福利、抚恤、服役、退役等项工作，都逐步建立健全了规章制度和行之有效的措施与办法。正当干部工作向正规化发展的时候，“文化大革命”开始了。

    在这场灾难中，徐立清也受到了诬陷和迫害。在身处逆境的情况下，仍然尽力保护干部。在“造反派”揪斗干部时，他始终坚持原则，实事求是，刚直不阿，不屈从于压力，为干部说公道话。在遇到紧急箔况时，他不顾个人安危挺身而出，耐心地给群众组织做工作，保护了不少老干部。一天傍晚，听说李天焕被因在清河公安部队医校，徐立清立即前去解围。当时，秘书挑了四位身材高大年轻体壮的保卫干部，准备保护徐立清，替徐立清挨打。徐立清当晚赶到清河医校，立即在礼堂召开大会，介绍李天焕的历史功绩。同时，他安排人员把李天焕安全转移。

    一天夜里，徐立窃听说周总理在京西宾馆开会，总部机关的职工群众组织拥进去了。为了保护周总理的安全，徐立清立即赶到京西宾馆，叫人广播说徐立清来了，在食堂接见大家，听取意见。徐立清将乱哄哄的人群吸引到食堂进行说服工作，一直搞到下半夜，保证了周总理安全地离开京西宾馆。

    1967年1月12日，新的中央军委文革领导小组成立，徐向前任组长，萧华和徐立清任副组长，下设秘书组、简报组、机关组、院校组和联络组，在三座门办公。当时由于萧华已被揪斗，在徐帅领导下，由徐立清在三座门一线主持了一段日常工作。徐立清刚刚到三座门不几天，1月20日早上，一些群众组织冲进三座门，把徐立清抓走。徐帅闻讯，一大早即赶到三座门，把徐立清要回，并向这些群众组织讲：徐立清是好人。当时，领导干部普遍被批斗，形势非常复杂。徐立清在徐帅领导下，想尽办法维护和保持军队的稳定，但已无能为力。徐帅和徐立清夹在中间，在三座门“作蜡”。

    1967年8月，林彪“彻底砸烂总政阎王殿”的“指示”透露后，总政机关很快被“砸烂”了，徐立清被打倒了，家也被抄了。徐立清被打倒是意料中的事。徐立清较长时期体弱多病，被打倒之后，医药也停了，经常被拉着到处挨“批斗”、“陪斗”，还挨过打。1968年1月，徐立清由中央“二办”监护审查。1969年11月，对徐立清解除监护，撤销党内外一切职务送军队农场监督劳动。随后他即被遣送山西侯马总政干校劳动，一个月只发50元的生活费。在劳动期间，他也不得安宁，有些群众组织还是常常去“批斗”、“挖材料”，使他仍受着种种折磨。直到1971年“九一三”事件之后，他才回到北京。

    1973年底，全军八大军区司令调动时，中央军委命令徐立清任济南军区政委。在济南军区工作一年零九个月，他走遍了军区部队驻地徐州、淄博、长山岛、青岛、潍坊、临沂、蓬莱、烟台、海阳、栖霞、威海、刘公岛、日照、连云港，三个野战军、一个省军区、一个守备区、一个警备区和守备师、军分区、人武部及师、团、营、连，他都亲自去调查研究，指导工作，帮助解决问题。他还同军区所在的省、地委密切配合，帮助稳定局势，解决“文化大革命”带来的问题，做好团结工作。

    1975年邓小平和叶剑英召开中央军委扩大会议，提出军队要整顿的方针。9月，徐立清奉命调回北京，再任总政治部副主任，仍主管全军干部工作。当时，军队干部工作被“文化大革命”搞乱了套，最突出的问题是干部超编严重。徐立清回到总政工作后，积极贯彻中央军委的以“三项指示为纲”、“军队要整顿”精神，着手解决军队存在的“肿”、“散”、“骄”、“奢”、“惰”等五个方面的问题。他首先抓“消肿”；二是配好领导班子；三是落实干部政策，“解放”于部。徐立清坚持实事求是，主张正确处理两类不同性质的矛盾。由于在总政机关对一些问题一时认识不一致，使他一度受到很大委曲，他的心脏也更加衰弱，不得不安上心脏起搏器。1980年1月，徐立清被免去总政副主任的职务，任命为成都军区第二政委，6月改任第一政委兼中共成都军区党委第一书记。根据他身体状况，一些领导劝他注意身体，让他掌握一下大政方针就行了，可是徐立清一到任即抓紧调查研究，忘我地进行工作。他维护民主集中制，从不个人说了算。他善于集中正确的意见，敢于负责，勇挑重担。他坚决拥护和贯彻中共十一届三中全会以来的路线、方针和政策，把中央的政策同军区部队的实际结合起来，对军区部队的建设作出了显著成绩。他是一位有胆识有魄力的“好班长”，兢兢业业，卓有成效地完成了党所赋予的任务，受到了广大指战员的敬重和爱戴。

    1983年1月6日，久经考验的忠诚的共产主义战士、人民解放军优秀的政治工作领导人徐立清，病逝于北京，终年73岁。中共中央、中央军委对徐立清的丧事非常关心，军委主席邓小平亲笔批示，要把徐立清的治丧同当时的中共中央书记处书记杨勇的治丧通盘考虑安排，并说他要亲自参加族立清的遗体告别。1983年1月16日，胡耀邦、邓小平等党和国家领导人及中央、国务院、军委、驻京部队代表1枷多人，向徐立清遗体告别。18日，在总后勤部礼堂举行了追悼会，由杨尚民主持，余秋里致掉词，悼念徐立清。在外地的叶创英、李先念、陈云等党和国家领导人，还派工作人员到徐立清家进行慰问。

    徐立消逝世后，许多领导同志以及和他相处过的广大指战员都悲痛不已。张爱萍、萧克、傅钟、魏传统、贾若瑜等发表了悼念诗词，宋任穷、王震、余秋里、甘渭汉、颜金生、王诚汉、钟汉华、鲁加汉等发表了《为干部队伍的建设沥尽心血》《忠贞不渝，一身正气》《干部工作者的楷模》等悼念文章。张爱萍在《痈悼徐立清同志》的挽诗中写道：“源本立清去自清，路通风霜不计程。惜君征途重谨慎，后继有人慰英灵。”道出了徐立清一身清白、不计个人得失、勤恳、谨慎，为共产主义事业竭诚奋斗的一生。

    徐立清在长期革命斗争中，在社会主义革命和社会主义建设中，一贯忠实于党，忠实于人民，忠实于共产主义事业，忍辱负重，勇于承担艰险任务。无论环境多么恶劣，条件多么艰苦，斗争多么复杂，他都能坚持无产阶级的党性原则，保持共产党人的革命气节和优秀品质。在历史的大转折中，他坚决地执行了党的马克思主义的思想路线、政治路线和组织路线。他拥护和维护中共中央和中央军委的正确领导，服从组织、尊重同志、重视团结、谦虚谨慎、识大体、顾大局、光明磊落、坚持原则、敢于同不良倾向和错误言行进行斗争。他严于律己，宽厚待人，言行一致，勇于自我批评，始终和广大群众站在一起，同甘苦，共奋斗。徐立清的一生，是革命的一生，战斗的一生，全心全意为人民服务的一生，为共产主义事业鞠躬尽瘁的一生。

    1986年清明节，在八宝山革命公墓徐立清的骨灰盒前，安放着一个小白花圈，上款写的是：献给尊敬的徐立清同志；下款写的是：反对过您反对错了的人敬献！一个人生前让人尊敬容易，而在死后若干年仍能受到人们的尊敬，尤其是受到反对过他而又通过实践证明是反对错了的人的尊敬和怀念，却是非常非常不容易的！