“四一二”政变后，国民党右派实行“清党”，大肆捕杀共产党人和革命群众。信丰县国民党右派头目王廷骥从赣州雇请了“清党”军一个连来，叫嚷要“血洗信丰”。郭一清迅即布置中共城区党组织和共产党员转移到乡村秘密活动。他自己却组织城郊600多农民与“清党军”相对抗。直至赣州“清党军”又增援信丰一个连，为使缺武器的农民免受损失，郭一清才下令农民撤离县城。随即国民党右派查封县农民协会和县总工会，杀害游州乡农民协会常务委员陈诗荣。烧毁郭一清、李官濂、黄达等家的房屋。将遭杀害的农会干部和群众的首级在城门悬挂，到处布告通缉共产党员。郭一清被列为通缉“首犯”，悬赏5000块大洋。
    此时，郭一清转入农村设法联络疏散在乡村的共产党员。4个月时间，发展中共党员70多名，建立13个中共支部；同时，重新建立秘密农民协会20多个，有会员8000多人。郭清参加了朱德、陈毅在黄泥排召开的联席会议，准备武装暴动。同日，成立中共信丰特别区委员会，郭一清任宣传委员。年底，中共在上海的党组织派萧凤鸣回信丰搞农民运动，郭一清敬重萧凤鸣并团结一致贯彻中共“八七”会议精神，积极组织农民成立赤卫队，开展“不还租税，反对高利贷剥削”，“收租收债者杀”的年关斗争。
    革命暴动的总指挥。民国17年(1928年)1月底，中共赣南特委派委员丛允中到信丰传达即刻组织农民革命暴动的指示。2月初，中共信丰特别区委改称中共信丰县委，萧凤鸣任书记，郭一清、黄维汉等为委员。18日，中共信丰县委土墙背会议决定：“领导群众，实行暴动，攻打县城，夺取政权。”并就暴动事宜作了具体研究布置，郭一清等人遵照部署，深入乡村秘密发动群众，组织武装赤卫队，筹集武器装备和粮草。
    2月21日晚，中共信丰县委在乡亲们帮助盖起的郭一清家的土屋里召开了暴动前夕的扩大会议，会议决定成立县工农革命委员会和暴动总指挥部，由黄维汉任工农革命委员会主席，民主选举郭一清担任总指挥，黄达任副总指挥，丛允中和萧凤鸣任党代表，并讨论通过暴动行动计划。次日夜，按照预定方案，县东、西、北三向乡村一阵紧密的锣声过后，衣领内及武器上都缝扎红布条，左臂佩戴红袖章的赤卫队和农民暴动队员，高举松明火把，捕捉镇压当地土豪恶霸并没收其财产，把各种借据、帐本和契约烧毁。各地暴动后，留下20%赤卫队员监视土豪劣绅，80%的赤卫队员分4路大队紧急向县城进发，总指挥郭一清率领第三路大队迅即进入离城200米远城西门外火焰山指挥部。

    23日凌晨，4路大队相继打败了城外据点的国民党守军，全部到达县城外预定阵地，天刚亮，郭一清下令攻城，土炮鸟铳齐向城楼射击。国民党守军凭借机枪、手榴弹等优于农民暴动队的武器顽抗，守住城垛。郭一清即令城西门外第二路大队，派员身裹浸湿的棉絮，带着干柴和煤油，沿着早已挖好的交通进到城根焚烧城门，可城门钉有一层厚铁皮，加上国民党守军从门顶向下倒水、倒沙子泥土而无法燃烧着，郭一清当即召开各路赤卫队负责人紧急会议，挑选人员组成敢死队架长梯强行攻城，伤亡较大，也未成。如此围城10多天，国民党信丰县政府调集小河、古陂、安西乡的3000多武装民团，又请调了国民党军第七师1个营增援解围，农民攻城暴动队伍处于腹背受敌境地。中共信丰县委下令攻城农民暴动队伍迅速撤退疏散，以保存有生力量。
    郭一清在途经崇仙入定南县界的黄柏山庵堂壁上题了一首诗：
    拔山盖世眼重瞳，垓下悲歌莫路寻；
    成败归天谁肯信，乌江自刎亦英雄。
    这期间，他还领导了信丰安西农民暴动。
    血火锤炼的红军将领。同年11月，郭一清遵中共赣南特委指示，将信丰、安远、定南等3县的游击队员在杨家寨编入红二十六纵队，郭一清任纵队长，黄达为党代表。红二十六纵队在郭一清领导下坚持在这3县开展游击战。
    民国18年(1929年)1月底，毛泽东和朱德率领红四军到达定南龙塘墟，与郭一清的红二十六纵队会合。看到红二十六纵队纪律严明、深受群众欢迎，毛泽东建议，红二十六纵队配合红四军一起攻打安远县城。中共安远县委送来紧急情报，国民党军队已在鹤子墟设下布袋阵埋伏。红四军立即改向寻乌进军，红二十六纵队留下继续打游击，牵制国民党军队的兵力。

    4月下旬，红五军遵照于都前委会议决定，从于都返回井冈山。途径信丰时，红五军军长彭德怀决定将郭一清的红二十六纵队编为红五军政治部保卫大队，郭一清任党代表，李寿轩为队长。不久，郭一清又被任命为红五军第五纵队第一支队党代表。自此起，郭一清跟随彭德怀转战湘鄂赣和湘赣边区一年多。这期间，郭一清的战斗作风和指挥才能颇受彭德怀的赞许，直至1951年9月5日，时彭德怀在抗美援朝的朝鲜战场上写的亲笔信还对郭一清予以深情的高度评价。此信是彭德怀写给郭一清长子郭兴让的，信中写道：“一清同志为中国人民事业坚决勇敢、艰苦奋斗之精神，永远留于人间，值得我辈学习。”
    次年6月，红五军第五纵队扩编为红八军。同时，红五军与红八军合编为红三军团。郭一清任红三军团第八军第二纵队政委，程子华任纵队司令员。7月25日，郭一清率部参加第二次攻打长沙，于长沙浏阳门外猴子石战地牺牲。牺牲后，遗体被安葬在浏阳门外七里巷附近。