为保存这支实力较强的革命队伍，中共陕西省委决定不去河南，改为北上独立发展，继续革命斗争。7月，史可轩奉命率部离开西安，但在转移途中不幸被军阀田生春杀害。为保存实力，根据党的指示，由许权中领导部队暂时栖身于国民军冯子明处，驻临潼关山镇。中山军事学校番号取消，改编为教导营。同年底，中共陕西省委派刘志丹、谢子长、唐澍等人到该部队工作。

    1928年5月，在中共陕西省委领导下，西北地区最大的军民联合武装暴动——渭华起义爆发。以中山军事学校师生为主体的许权中旅不仅作为中坚力量参与起义，与来犯之敌进行殊死搏斗，还在起义前为渭华地区培训了一批军事骨干。当时，这批人员在受训结束后，携带枪支弹药，由原中山军事学校学员大队长张汉俊率领返回渭华，编为陕东赤卫队，成为起义的主要参与者之一。可以说，渭华起义的历史功绩中包含着中山军事学校广大师生的重要贡献。尽管起义军终因寡不敌众惨遭失败，但沉重打击了西北反动统治阶级的嚣张气焰，鼓舞了西北人民的革命斗志。起义军中保留下来的一批骨干，成为之后创建西北革命根据地的“火种”。

    中山军事学校存在的时间不长，只培训了一期学生，但它培养的一批军事人才和军队中的政治骨干，对当时国民革命运动的蓬勃发展和之后我党在西北地区开展武装斗争起到重要作用。