1980年11月29日下午，第二审判庭对被告人吴法宪进行第二次庭审。特别法庭副庭长黄玉昆和13名审判员出庭，黄玉昆主持审判活动，审判员宁焕星、苏子衡、翟学玺出庭进行法庭调查。特别检察厅副厅长史进前和8名检察员出庭，检察员孙树峰、冯长义支持公诉。律师马克昌、周亨元出庭参与法庭调查。法庭在对邱会作进行调查完毕，让法警将邱会作带出法庭后，将吴法宪带到法庭被告人席，然后开始对他进行庭审活动。这次庭审活动是围绕周宇驰劫持飞机外逃和在上海对郑君里等人抄家进行调查。

　　法庭首先就起诉书第42条指控林彪、叶群、林立果叛逃以后，周宇驰等人劫持直升飞机外逃，与吴法宪有关的事实进行调查。

　　吴法宪矮胖的身躯在被告人席上刚刚落座，审判员宁焕星就向他发问：“1971年9月13日中央是什么时候下达全国禁航令的，内容是什么，你当时在哪里？”吴法宪回答说：“1971年9月12日晚上24点前，我就到了西郊机场。周总理给我打电话，命令现在任何飞机都不准到北京来。第二次又打电话，命令全国所有的飞机，包括空军、民航、海军的飞机都不准起飞一架飞机。如果要起飞，要有毛主席、周总理、黄永胜、吴法宪、李作鹏5个人联合命令才能起飞。周总理要我传达下去。听到后，我就告知梁璞，又找值班的参谋长，要他转告全国，又通知全国各地空军司令员，并说如果起飞了，你我都要掉头。”这时法庭宣读和投影1971年9月13日凌晨周总理代表党中央向吴法宪下达的全国禁航命令的记录。接着审判员问吴法宪：“中央的禁航令下达1个多小时后，为什么还能劫持到直升飞机逃跑呢？”吴法宪回答:“没有想到周宇驰劫持飞机逃跑。”随后，法庭传唤李伟信出庭作证。李伟信是和周宇驰、于新野一起劫持直升飞机外逃的人员之一，当驾驶员不听指挥，往回飞着陆后，3人相约同时开枪自杀，周宇驰、于新野两人自杀身亡，李伟信没有开枪自杀而被活捉。他对事件的经过十分了解。他证实了当时他和周宇驰、于新野等人劫持直升飞机外逃的事实，并说：“吴法宪的‘两个一切’为这次事件创造了条件。”这时法庭又出示有关这次事件的证据。吴法宪看过法庭出示的上述证据后说：“这和我的‘两个一切’有直接联系，是我的‘两个一切’的罪责，是我批准周宇驰学开直升飞机的，不然他怎么能找到直升飞机？”法庭又传唤陈士印出庭作证。陈士印陈述了周宇驰劫持飞机起飞后，即威逼陈修文保持320度航向，陈修文不听周宇驰的指挥，扭转航向往回飞，当快要着陆时，陈修文被周宇驰开枪杀害。

　　这一事件调查结束后，又转向对5个人逃跑广州的调查。审判员问吴法宪：“1971年9月13日，空司机关还发生了什么事情？”吴法宪回答说：发生了5个人逃跑到广州的事。这件事我不知道，是周总理告诉我的。周总理要我让广州空军查明，把他们抓回来。接着又说：“根子在‘两个一切’，我把空军的权都交给了他们，我说话都不灵了。”这时法庭传王永奎到庭作证，王永奎是空军机关中逃跑到广州的5个人之一。他说：由于“当时的错误判断，认为林立果已经到了广州，周宇驰等人正向广州去，我们就跑到广州去找他们。”

　　对周宇驰等人劫持直升飞机逃跑一事，吴法宪应否负刑事责任，关键是吴法宪事前对此是否知情，这需要在法庭调查中查明。于是律师马克昌问吴法宪：“周宇驰等人劫持直升飞机逃跑，事前你知道不知道？”吴法宪明确回答：“不知道，确实不知道。”

　　在法庭就起诉书第44条指控吴法宪在1971年9月13日林彪叛逃后，销毁罪证的事实进行调查后，副庭长黄玉昆宣布：“起诉书指控林彪叛国外逃以后，周宇驰等人又劫持直升飞机外逃等犯罪活动，已经调查完毕。”

　　接着法庭对起诉书第35条指控江青勾结叶群，于1966年10月，通过吴法宪把江腾蛟叫到北京