回国后，崔庸健初任朝鲜临时人民委员会保安局长；1948年2月8日，朝鲜人民军成立，崔庸健任朝鲜人民军总司令、大将军衔。同年9月9日，朝鲜民主主义人民共和国成立,他担任民族保卫相（国防部长）。1953年2月，朝鲜最高人民会议常任委员会为了表彰他对朝鲜革命作出的重大贡献，特授予他朝鲜民主主义人民共和国次帅称号。1957年起，崔庸健担任共和国最高人民会议常任委员会委员长，升任元帅。1972年当选为共和国副主席。在党内，1956年起，当选朝鲜劳动党中央委员会副委员长、中央书记局书记、政治委员会常务委员、政治委员会委员等。

    1976年9月19日，崔庸健不幸病逝于平壤，享年76岁。朝鲜劳动党中央、中央人民委员会、政务院为他举行了隆重的国葬。

    中共中央，国务院于9月20日致电金日成主席和朴成哲总理，表示深切哀悼。唁电指出：“崔庸健同志长期肩负国家重任，为反抗美帝国主义的侵略和干涉，为朝鲜的社会主义革命和社会主义建设，为争取朝鲜的自主和平统一，贡献了毕生的精力。”