9月6日至9日，教导旅主力分成10批归国，从日军和伪满政权手中收复了57座东北的大小城市。看到抗联回来了，许多青壮年立即报名要求参军。鉴于教导旅部队发展迅速，兵员早已突破旅的编制，周保中等决定将教导旅更名为东北人民自卫军，周保中任自卫军总司令。

　　1945年9月15日，中共中央决定建立以彭真为书记的东北局，前往东北开展工作。4天后，各解放区抽调的八路军、新四军部队和大批干部挺进东北。初到东北的八路军、新四军指战员免不了要与苏联驻军打交道，原抗联教导旅的指战员大多通晓俄语，他们成为两军联络必不可少的桥梁。

　　1945年10月31日，中共中央决定，东北人民自卫军与已进入东北的八路军、新四军部队合组为东北人民自治军，周保中任第三副司令。至此，东北抗日联军及抗日联军教导旅完成了光荣的历史使命，其指战员汇入东北解放战争的洪流中。