1953年在全国范围内进行了历史上第一次人口普查。普查结果，中国人口达到6亿多人，并且预测每年增加1300万人，增殖率为千分之二十。人口急剧增长，引起经济学家马寅初的高度关注。经过广泛深入地调查研究后，马寅初完成题为《控制人口与科学研究》的论文。

论文拟写好了，马寅初把它送到陈云那里。陈云仔细地看了《控制人口与科学研究》论文，对马寅初说：“我完全同意你在文章中的观点。”“中国有6亿多人口，每个人的衣食住行，哪方面都得考虑周到，稍有疏忽就酿成大事。因此，人口问题对国家经济的压力实在是太大了。”陈云继续说，“当然，任何新生事物的出现都会有阻力的。好的建议在推行时不见得畅行无阻，一帆风顺。”“人口理论推行起来，可能有种种阻力。但是，我会在中央领导同志那里替你吹吹风，做些解释工作。你的人口理论为我们国家和民族兴旺发达立了一大功。人口减少了，人们的日子也会好过得多。”不久，马寅初把人口问题的文章交人大代表讨论征求意见。然而，马寅初的文章遭到了反对，说什么：“在社会主义国家是没有人口问题的。”“马寅初谈的人口问题，完全是马尔萨斯的货色。”这种情况无异给马寅初泼了一盆冷水。但是马寅初并没有气馁，他继续进行调查研究，对自己的人口问题的论文再行补充完善。

陈云了解到马寅初人口问题论文的遭遇，十分关心，他写了一个便条，差人送去。马寅初打开一看，便条上只有7个字：“气可鼓而不可泄。”马寅初一看，眼里顿时盈满了泪水，从心底里感谢陈云的支持和帮助。

陈云认真履行了自己的承诺。他利用一切机会，向一些中央领导同志进言，请他们考虑马寅初人口理论的正确性和必要性，还以自己在工作中的切实体会，说明人口压力对我国财政经济工作的影响。在陈云的努力下，到1956年，人口问题开始得到应有的重视。马寅初的意见也随之有了转机。

1957年，毛泽东发动和组织领导了一场声势浩大的反右派斗争。马寅初也卷入了这场政治风暴之中。运动中，有人向马寅初发难：“《新人口论》是配合右派向党进攻。”更有人讥讽挖苦说：“马寅初拍共产党的马屁没拍上，反而拍到马蹄子上。”有人还主张把马寅初定为右派。消息传到国务院。周恩来明确指出，马寅初这个人有骨气，有正义感，是爱国的，他是我国有名的经济学家，国内外都有影响，不能划为右派。此前，周恩来曾与陈云商量过，陈云认为，马寅初是热爱党和社会主义的，他的《新人口论》的基本观点是正确的，坚决反对把马寅初划为“右派”。由于周恩来、陈云的制止，马寅初才幸免于难。

然而，天有莫测风云。1958年，在北京大学的60周年校庆大会上，中共中央政治局候补委员陈伯达向马寅初发难。这个党的“理论家”要马寅初就《新人口论》作检讨不久，另一个党内“理论权威”康生，在北大的一次会上说：“北大出了个《新人口论》。它的作者也姓马。这是哪家的马啊是马克思的马还是马尔萨斯的马……”当时，毛泽东主张“人多是好事”的观点：“八亿人口，十亿也不怕。”陈伯达、康生为了迎合毛泽东的这些观点，把马寅初拉出来点名批判。

一场全国性的声势浩大的批判马寅初的运动开始了。这期间，敬重、关心和爱护马寅初的陈云，因提倡“包产到户”和反冒进问题，与毛泽东的意见相左，遭到批判，靠边站了。

在陈伯达、康生的迫害下，1960年，马寅初辞去了北京大学校长的职务，不久，又被罢免全国人大常委的职务。从此以后，这位著名的学者从中国政治舞台和学术论坛上消失了。“文革”结束后，陈云在党的十一届三中全会上增选为中央政治局委员、政治局常委、中央委员会副主席。正在医院病床上的马寅初立即吩咐家人给陈云写了一封贺信。陈云接到马寅初的信，非常高兴，很快回了一封亲笔信，对马寅初的健康