黄克诚一看名单，上面所列的人大多是第三师中久经战斗、英勇忠贞的基层指挥员，其中有两名连指导员，还是黄克诚来到第三师后亲手培养提拔起来的。眼下他们正率领部队同“围剿”之敌浴血奋战，他根本就不相信名单上的那些人会是什么“AB团”分子。黄克诚据理力争，并担保名单上的人没有一个会是“AB团”分子，希望肃反委员会“刀下留人”。然而，肃反委员会严厉地说：“你是入党多年的党员，又是师政治委员，应该懂得如何执行党组织的决定，更清楚违犯肃反纪律的责任和后果。”黄克诚自知再费唇舌已无济无事，便转身离开。

　　在赶回部队途中，黄克诚已决意设法保护名单上的那些同志，不使他们被捕上送。过了几天，肃反委员会的人不见第三师的“AB团”分子押送来，便一再向黄克诚催问，其言辞一次比一次严厉。黄克诚思来想去，最后决定秘密通知名单上的同志暂时上山躲避，等过了这阵风头之后，或许会有转圜的余地。

　　当时正处于反“围剿”的紧张战斗期间，战事频繁。到了打仗的时候，黄克诚便派人通知在山上躲藏的干部，各自回到自己的部队带兵参加战斗。一俟战斗结束，又马上上山躲藏。半个月过后，那几名干部见平安无事，以为风头已过，便有些放松警惕了，战斗结束后也不急于上山躲藏了。此事终于被肃反委员会察觉，有两名连指导员马上被肃反委员会派人捕去，不久即遇害。黄克诚得知，不禁痛心疾首。他径直来到军团政治部，怒斥肃反委员会干了亲者痛仇者快的蠢事情。

　　黄克诚前次抗命拒不捕人上送，早已引起肃反委员会的不满；现在他又来为“AB团”分子鸣冤叫屈，自然更不为所容。肃反委员会不容分说，当即下令将黄克诚抓捕起来“审查”。正当肃反委员会欲以“同情和包庇反革命，破坏肃反”的罪名将黄克诚处决之时，军团长彭德怀得知此事，火速从前线赶来，要肃反委员会“刀下留人”。由于彭德怀的干预，黄克诚才幸免一死。但是，却被撤销了师政治委员的职务。

　　由于彭德怀的干预而使肃反委员会“刀下留人”的事，黄克诚当时并不知情，肃反委员会释放他的时候，没有讲明原委，事后也无人提起此事，包括彭德怀本人也从来没有对黄克诚谈过这件事。因此，当1959年庐山会议上黄克诚被批判时，有人说他支持彭德怀的“意见书”，是为了报当年的“救命之恩”，竟使得黄克诚莫名其妙，不知此言何所指。经过有关人员在会上的“揭发”证实，黄克诚才总算得知当年之所以没有被肃反委员会杀头，原来是彭德怀干预的结果。黄克诚在晚年时，曾如是说：“我和彭德怀言不及私，相待以诚，相争以理，性格作风比较合得来，如此而已。”