毛泽东对举世闻名的清华大学一向情有独钟，关切备至，表现了极大的热情。

　　1948年12月，北平解放前夕，为避免清华等名校受到破坏，毛泽东在1个月中，接连3次亲笔批示，电令进军北平的人民解放军有关部队领导人切实“注意保护清华燕京等学校及名胜古迹”，又叮嘱“注意与清华、燕京等大学教职员学生联系，和他们共同商量如何在作战时减少损失。”

　　新中国成立后，清华大学教职员工一致要求，请毛泽东为清华大学题写校名，此事并由张奚若教授转呈。毛泽东欣然应允，遂即命笔题签“清华大学”四字，潇洒遒劲，传作美谈，清华全校师生并以此制作校徽佩戴。

　　1957年6月11日，在“百花齐放，百家争鸣”紧张繁忙的日子里，毛泽东专门派秘书到清华大学进行调查研究。

　　1958年12月22日，他批阅了中共中央宣传部所呈关于清华大学工作的一份材料，要求“将此件印发给全国一切大专学校、科学研究机关的党委、总支、支委阅读”。

　　1959年9月，毛泽东视察了由清华大学水利系师生负责设计的密云水库，他认真地听取了张光斗等专家教授的汇报后，满意地说：你们的工作做得不错！清华大学水利系师生负责密云水库设计，体现了教育与生产劳动相结合，能理论联系实际，真正提高了教育质量，方向正确，创造了高等工程教育的好经验。褒扬之词，溢于言表。

　　清华园里人才济济，毛泽东与校内的许多学者耆宿交往颇深。1948年11月24日，他阅读了清华大学教授吴晗的专著《朱元璋传》，随即写信称道：“两次晤谈，甚快。大著阅毕，兹奉还。此书用力甚勤，掘发甚广，给我启发不少，深为感谢。有些不成熟的意见，业已面告。”

　　对于清华大学的两位爱国师表闻一多与朱自清，毛泽东一向敬重有加，深为感佩。1949年8月18日，毛泽东在为新华社撰写的题为《别了，司徒雷登》的评论中，热情地写道：“闻一多拍案而起，横眉怒对国民党的手枪，宁可倒下去，不愿屈服。朱自清一身重病，宁可饿死，不领美国的‘救济粮’。我们应当写闻一多颂，写朱自清颂，他们表现了我们民族的英雄气概。”

　　1956年2月24日，毛泽东在读悉清华大学系主任、著名建筑学家梁思成教授申请加入中国共产党的信上，郑重批示：同意吸收梁先生入党。

　　1959年9月30日，在国庆10周年招待会上，清华大学体育教研组主任、著名体育教育家马约翰教授见到毛泽东。毛泽东亲切地握住他的手，称赞他是中国最健康的人。

　　1966年6月24日，在“文化大革命”极左思潮的支配下，清华的“红卫兵”组织竟然将作为清华象征的“二校门”拆除，后在此地基上竖立起一座高大的毛泽东全身塑像。这座塑像首开先例，在全国引发了竖立毛泽东塑像的风潮，后经毛泽东的严厉批评方得制止。20年后，清华恢复校园历史原貌，重建清华二校门，在主楼大厅北墙上，建立永久性的毛泽东青铜浮雕头像，以缅怀毛泽东的伟大历史功绩和对清华大学的关怀。此青铜浮雕头像于1987年8月26日落成揭幕。