郭亚臣返回井冈山后，随红四军转战赣南、闽西。1929年春，郭亚臣曾给家中来信，说他同弟弟郭亚林分别后，曾在江西永新会面过一次，后来听说郭亚林在莲花塘战斗中左腿受伤，未知是否转回家乡治疗，如已康复，请父催促回营。当年，郭亚臣还给家里寄来第二封信，说自己在外从事革命，无力关照家庭，妻子可另择夫君，免误青春年华，并望父亲时刻注意家中安危。

    郭亚臣在中央苏区参加了五次反“围剿”。1934年红军长征时，曾任某军第二师政委。长征以后，被派往重庆市做党的地下工作。1939年，被国民党反动派杀害于重庆。

    郭亚臣是红军初创时期就参加了土地革命的桂东籍红军将领。红军长征到达陕北后，郭亚臣转入地方，被派往四川重庆从事党的地下工作。由于革命事业的需要，为了党的革命工作，郭亚臣较早地离开了部队，是牺牲在隐蔽战线的我党高级干部。