9月，乔树人因在复兴社大会上受康泽安排发言其宣扬八路军吃苦耐劳积极抗战，被康泽责怪“不识时务”奉调回到武汉。随后又回到重庆，受徐永昌保荐任国民党军令部第一厅12科任科长，主办对日作战业务。一年后受有师生之谊的兵役署署长程沛民保荐出任国民党31补充兵训练处少将处长。1940年，前线的抗战形势一天比一天紧张，中国军队急需经过训练的后备兵员补充前线，国民政府军事委员会下令在后方省份设立补充兵训练处。31补充兵训练处的处部，设在四川江油县中坝镇报恩寺。因此，乔树人到江油赴任，面临着复杂的局面。

    乔树人没有在国民党系统带过兵，补训处所辖的团营连级军官，都是军政府所派，来源各不相同。有的是军校毕业的学生，有的是编余军官，还有的是退役在乡的军人，他们来自全国各地，背景五花八门，思想状况复杂，人员素质参差不齐。军校毕业的年轻军官，有热情而少经验，时不时发生纠纷；一些编余军官、退役军人又得过且过，没有工作积极性。对此，处部“专门成立军官队，专门轮训排以上干部。同时又精选新兵中的知识青年，以团组建120人的学员队，全处组建学员大队，集中进行军事政治训练。”乔树人以“明耻教战，救亡图存”之语勉励军官队学员，“成则为少康中兴之一旅；败则为田横壮士之五百”。补充训练的新兵，随前方战争的需要随时征发，奔赴前线。31补训处自1939年成立至1942年3年间，共接收、训练补充兵3.6万多名，3.3万多名补充兵开往抗战前线。

    漫长而艰苦的抗日战争给人民带来了更为沉重的负担，后方物价波动，法币贬值，士兵粮饷供应本来就紧巴巴的，还会遭到腐败官僚的克扣。壮丁变成“瘦丁”，乃至生病死亡，乔树人在任时，查出驻武都镇的第二团虐待病兵。为此，他亲自来到武都，将引起公愤的二团团长徐震球撤职解送军政部法办。还大力缩减处部机关公杂费，移作医药费用，又拿出私人工资去医院慰问病员，发给每人3至5元糖果费，带头体现他倡导的“官兵合一，军民合一，表里合一”的治军理念，这对改善士兵待遇产生一定积极性，伤病士兵病亡的现象大为减少。但是，由于日军封锁，后方缺医少药，物价飞涨，法币贬值，按规定每个连每月14元的医药费不够一个伤兵一日之用。一点糖果费，在大环境中显得杯水车薪。

    1942年底，31补训处裁撤。乔树人前往三台就任潼遵师管区少将司令。三台就是现在的绵阳市三台县，离中坝有两百里的距离。乔树人在任期间，处理过一起恶劣的残害士兵案件。1943年，国民党93军58师新兵大队来到三台县三合乡接收新兵，连长李云彰虐待士兵，还禁止家属探望。6月，一名壮丁逃跑未遂，被上司打死，偷偷掩埋在驻地附近。后因下雨冲刷，尸骨被附近居民发现，引起民愤，士兵家属聚集起来要求探望，场面失控，连长李云彰开枪镇压，打死四名乡民。愤怒的民众越聚越多，抬尸伸冤。三台县政府见势不对，赶忙上报乔树人。经过洽商，双方共同负责，县政府派人以四万元抚恤死伤群众，乔树人电令将一名开枪杀人的班长就地枪决，平息民愤，“余者带县法办”。看到直接行凶的凶手被枪毙，乡民的怒火才慢慢平息，终于散去。

    1944年夏，乔树人“因未执行军政部电令，将毒贩王春陔、王荣春解渝训办时放走，又涉嫌通共”，被开除党籍，撤职下狱。1945年抗战胜利，国民政府大赦，乔树人获得减刑。是年冬天，经过陆大特二期同学执法总监万倚吾及潼遵师管区继任王伯骧与兵役署处长汤茂周担保相助，保外就医，才恢复自由，遂称病回乡，避居中坝，做起了“隐士”。期间回绝了黄埔同学王元辉及刘骞的公职安排，1949年9月绵阳拒绝了胡宗南及黄埔一期学长曾扩情的任用。

    数年后，内战烽火烧到四川。赋闲已久的乔树人重新活动起来。这一次，他选择了保护家乡的和平劝说黄埔三期同学刘骞起义。“保境安民，守护中坝”，力阻溃军入城，维持了地方秩序。1949年12月，与各界人士一起开城迎接解放军，“中坝和平解放”。1950年初到重庆西南军政委员会与泸顺起义同事刘伯承见面，刘伯承安排刘连波做其履历调查，后经朱德总司令电证明其八路军总部工作期间没有特务嫌疑，热情相留其任西南军政委员会工作，并受安排为解放西藏做了“宣传为主，屯兵驻守”解放西藏方案，回江油接家眷只领了西南军政委员会路条没有领路费，而接受南京陆大求学拜把兄弟范绍增参谋长吴韶金路费30元，回江油后因当地政府挽留就在江油任职没有前往重庆西南军政委员会任职。

    1969年3月30日，乔树人在文革中病逝。

    一个时代的结束是另一个时代的开始，青山依旧，几度夕阳。每个人都被裹挟于时代之中，浮浮沉沉，起起落落。几十年后，当我们从历史的洪流中捞出这段往事，仿佛还能碰触到大时代的深深刻痕，仿佛还能感受到那些被乱世裹挟的生命的温度。明年时值乔树人诞辰120周年，文革期间慌乱葬于野外，经江油市委同意安葬于江油市西山公园烈士陵园。青山虽处处，英魂终有家，死后自会长眠，后人自有心安！