建国后，1950年4月，杨朝宗同志由第二野战军卫生部转业到地方工作，仼川东军区卫生部部长兼川东行署卫生处处长，川东行署卫生厅厅长；1950年5月在重庆，他在跟随第二野战军进军西南的华东野战军第一后方医院卫生学校的基础上，创建了西南区川东医士学校(现为重庆市职工医院)，兼任首任校长，为四川地区培养了大批医务管理干部和医疗卫生技术骨干，为重庆市和四川省的医疗卫生事业的发展做出了重要的贡献。1952年调仼四川省卫生厅第一副厅长，四川省民族事务委员会委员兼四川省委文教办副主任，四川省爱国卫生运动委员会办公室主任，四川省血防办公室主任等职务。

    “文化大革命”时期，杨朝宗同志受到迫害和监押。得到马海德先生（卫生部顾问，医学博士，建国后第一位加入中国籍的外籍人士）的亲切关心。

    1983年，杨朝宗同志离职休养，享受正厅级待遇。

    2002年2月21日，杨朝宗同志在成都市病逝，葬于四川省巴中市“红军将帅碑林”陵园。享年86岁。