“皖南事变”爆发后，谭震林再次受命于危难之际，奉命出任新四军第六师师长、政委，兼任江南区党委书记，成为苏南抗日的领袖人物。这时，日寇在无锡至江阴公路以西地区（简称苏南西路地区）的太滆、茅山一带进行大“扫荡”，大片根据地被敌人蚕食。

    在这一关键时刻，谭震林由苏南东路地区到了苏南西路地区。他一到苏南西路地区，就立即整编队伍，进行战斗动员，指挥部队开展对敌斗争，尤其是他在溧阳县黄金山附近坐镇指挥的三次自卫反击战，以少胜多，三战三捷，极大地鼓舞了士气，振奋了民心，使苏南西路地区的抗日革命根据地得到巩固和发展。当时，他形象地把东路地区和西路地区比喻为“站稳两脚，伸开两手”：“站稳两脚”，华中抗日根据地就巩固了；“伸开两手”，浙江、皖南等地的抗日局面就打开了。由于谭震林率部胜利地保卫了整个苏南抗日根据地，从而有力地支援了苏中、苏北抗日根据地的建立和巩固。谭震林在这一时期创立的许多英雄业绩，直至如今还一直在苏南广大群众中传颂。

    1941年11月，苏南西路地区主力十六旅在溧阳城以北的塘马遭到日寇偷袭，旅长、政委壮烈牺牲。这时，谭震林已到苏中江都、高邮、宝应地区领导开辟新区的工作。当他一听到这一不幸消息后，主动向新四军军部请求回苏南兼任十六旅旅长。他一到那里，就发动干部、战士总结塘马战斗失利的经验教训，鼓舞士气，重新向敌人展开英勇顽强的斗争，以果断的行动保卫了以茅山为中心的抗日革命根据地。有一段时间，谭震林还被任命为新四军第一师（师长粟裕）政委和新四军（军长陈毅）政治部主任，成为粟裕、陈毅的好帮手。