２００５年，孙宅巍出版《澄清历史——南京大屠杀研究与思考》。该书有关埋尸的部分，汇集了他对遇难人数的最新实证。但就在此书出版后不久，他又发现一份《督办南京市政公署卫生处筹办掩埋尸体计划书》（１９３８年５月），该计划书称：“查本市城厢附郭一带仍有暴露之尸体约五万余具，虽有相关组织担任掩埋工作，但亦限于经费，未能悉埋。”这说明至１９３８年５月，南京城厢附郭一带还有５万具尸体等待掩埋。而以往的埋尸统计，大体均是截至１９３８年５月。不过，在这份计划书制定后，这５万具尸体究竟是如何收埋的，便再无下文。

    孙宅巍认为，如果这份计划书的内容，能够得到其他档案资料的支持，予以确认，那么这将直接影响到我们对南京大屠杀遇难人数及其规模的估计。

    虽然执著于计算“数字”，但孙宅巍心中更为遇难者名单的缺乏耿耿于怀。

    “遇难者名单的缺乏一直以来与人数认定的争议相伴的。对死难者名单的补课，是中西方一切受害国家面临的共同课题，也是这些囯家史学工作者共同的追求。”孙宅巍认为，在这方面，我们还有大量的工作要做，还有很长的路要走。我始终认为“人数问题”从学术层面上是可以讨论的，不是说要去跟日本右翼打什么口水仗，而是要立足自己，尽可能地接近历史真实。