国民党当局视淮南解放区为心腹之患，在国共停战协定生效之际，仍派8万“精锐之师”包围、进攻淮南军区。1946年7月中旬，国民党调集整编七十四师和第五军（皆为五大主力之一）4万人分两路进攻天长、盱眙。淮南我军两万人奋起迎战，激战两周，被迫向苏中和淮北转移。独立旅奉命阻击敌人，掩护军区机关和主力转移。黄仁廷率第三团节节抗击，顽强阻击敌重兵两天，在三河（沟通洪泽湖、高邮湖之河）边遭敌包围。河宽水深，却无渡船，敌人的炮火、枪弹越来越近。他紧急动员几名当地籍战士带路、探水，挑选几十名会水战士在深水处保护，命令部队手拉手排成人墙，摸水前进。他自己也不顾身体多处伤残，带头跳下水去。在他的指挥、激励下，部队很快就趟过了河，胜利突围。

    部队进入苏中后，黄仁廷调任野战军第六师十八旅副参谋长，参加了苏中战役、涟水保卫战和鲁南战役。1947年2月，任华东野战军六纵十八师副参谋长，先后参加莱芜战役、泰蒙战役、孟良崮战役、南麻临朐战役、沙土集战役等，9月底跨过陇海路，南下进军豫皖苏边区，横扫民团、土匪等地方武装，年底参加陇海路破击战。1948春，他调任新组建的淮北军区第三军分区司令员。6月，他任江淮二分区司令员，积极发展武装，加强政权建设，同年冬率分区武装参加淮海战役。

    建国后，黄仁廷先后任二十四军七十一师师长、空军第二十九师师长、山东省军区昌潍军分区司令员、山东省军区副司令员等职。1955年被授予少将军衔，荣获二级八一勋章、二级独立自由勋章、二级解放勋章。

    红军时代，黄仁廷十多次受伤，由于当时医疗条件极差，有时连盐开水都没有，却几乎每天都要行军作战，不断转移，与敌人兜圈子、捉迷藏，一直得不到及时、有效的医疗和休养，导致他左眼失明、左小腿骨折，身上多处创伤时常作痛，严重损害了身体健康。但是他身残志坚不自哀，勉力为国戍轮台。新中国成立后，他没有因职务升高而养尊处优，更没有因伤残而躺在过去的功劳簿上。在每个岗位上，他都以对党对人民的高度负责的精神，勤勤恳恳，兢兢业业，努力工作。他到空军二十九师时，人民空军还处在初创时期，自己更是门外汉。但是他不畏艰难，勤学苦练，很快掌握空军指挥业务。根据“稳步前进，完成计划，提高质量，保证安全”的训练方针，带领部队开展高级复杂的训练，提高飞行日利用率和飞行技术，加强干部和机关的业务学习，进行条令教育、整顿编制、健全机关（定型、定员、定额）和实施四项制度等正规化建设，同时带领部队担任国土防空任务，积极进行解放台湾和沿海岛屿的准备工作。在军分区和山东省军区工作期间，他识大体、顾大局，善于团结来自五湖四海的同志，密切联系群众，淡泊名利，任劳任怨，狠抓部队建设，积极支持地方工作。“文革”时期，他无私无畏，坚决抵制林彪、“四人帮”爪牙和造反派夺权与干扰、破坏，为保持部队稳定、维护安定团结局面做出了贡献。

    由于年高体弱，他主动要求让年轻有知识的同志接替自己的岗位。20世纪70年代中期，他退居二线，回安徽定居。1978年1月，他当选为安徽省第四届政协委员，仍然关心国事，参政议政，参与各项建设工作，真是“苍龙日暮还行雨，老树春深更著花”。1982年12月，黄仁廷将军病逝于合肥，享年71岁。