1940年12月，王凌波辗转回到延安，任延安行政学院副院长。当时延安行政学院属于初创时期，工作开展面临重重困难。为了培养更多抗日革命领导人才，王凌波在埋头苦干的同时注重发扬民主，凝聚群众的合力，助使学校各项工作很快走上正轨。时任陕甘宁边区政府主席兼行政学院院长林伯渠称赞说：“行政学院初开办，困难很多。我挂名正院长，凌波同志从没推过责，也不肯告苦。”寥寥数语，描绘出王凌波一如既往的兢兢业业、忠于职守、用心用力的工作状态。

    因操劳过度，1942年王凌波因突发脑溢血在延安逝世。噩耗传来，众人无不为王凌波的病逝深感痛惜。1958年，王凌波的遗体移入延安“四八”烈士陵园。1962年1月，徐特立为王凌波墓重写碑文，概括王凌波的一生：入党前是青年运动杰出领导干部，入党后长期与敌人进行艰苦的斗争……共产党员不怕一切牺牲，不择任何工作，听党的话，革命利益高于一切，凌波同志足为党员的模范。