1935年3月，红四方面军突破四川军阀的防线，占领平武、中坝等地时，肖福祯与长子正由中坝到北川县陈家坝探亲访友。在红军民族、宗教政策的感召下，肖福祯毅然报名参加红军。在他的带动下，兰盖龙、马文常、周旭明、严大林等20多个回、汉族青年都向红九军二十五师七十三团提出了参军要求。肖福祯当时被分配在红四方面军总政治部、川陕省委宣传部从事阿拉伯文翻译工作，并在青川、平武部分地区帮助群众建立地方回民苏维埃政权。

　　1935年5月，肖福祯随红军部队从北川抵达茂县。茂县是一个羌族主要聚居区，也有不少回族，红军便派他住在茂县清真寺。在那里，肖福祯发挥自己谙熟阿拉伯文和伊斯兰教经典的特长，把红军的布告特别是有关民族、宗教政策的标语口号译成阿拉伯文，书写、张贴在大街小巷、路口崖壁、清真寺内以及回民院落等显眼的地方，同时，还充分利用自己的身份，在各种场合向回、羌、汉各族群众宣传讲解党和红军的革命宗旨及各项政策，解除他们对红军的疑虑，帮助受反动派欺骗而躲避到山林中的群众返回家园。红军解放茂县后，回民的宗教活动仍然得到正常开展，伊斯兰教徒照常在各清真寺沐浴净身、做礼拜。当年5月22日，肖福祯以阿訇的身份在茂县清真寺主持了“圣忌”(或称“圣纪节”)活动，他利用“圣忌”的讲坛，宣讲回族人民革命斗争的光荣历史和传统，列举了清代云南回族农民领袖杜文秀起义失败的教训，指出只有在共产党领导下，才有回民的解放。然后又按照回族节日的程序，带领教民诵经、赞圣，讲解穆罕默德的历史。通过这些活动，既组织、教育和团结了茂县的回族人民，又宣传了党的民族宗教政策。

　　1935年10月，红四方面军由草地南下，到达绥靖(今金川县)。11月，肖福祯被委任为西北联邦政府回民委员会主席。在红军驻留绥靖的9个月里，根据地内的所有清真寺都保存得完好无损，宗教活动正常进行。由于红军和革命政权认真贯彻党的民族宗教政策，红军纪律严明，加之肖福祯的宣传教育活动，使红军深得回民的信任，许多回民村寨都成了红军领导机关的驻地。

　　1935年12月初，绥靖回民苏维埃政府在该县县城清真寺成立，肖福祯担任绥靖县第一任苏维埃主席，副主席周阿訇、吴三哥等也都是回族。肖福祯还组织了一支由120名回族青年组成的回民独立连，经过近一年血与火的严峻考验，肖福祯成长为一个信仰共产主义的回族战士，加入了伟大的中国共产党。

　　1936年夏，红二、四方面军在甘孜县会师后，继续北上，肖福祯带领回民独立连随董振堂所率的右纵队从绥靖出发北上。在紧张的行军途中，他仍然不遗余力地宣传党和红军的政策。在卓克基官寨后面，至今还遗留着肖福祯用阿拉伯文和汉文书写的石刻标语。1936年8月20日，肖福祯行至马塘附近的梭磨河畔时，遭遇当地反动武装，由于敌众我寡，虽经一场恶战，红军战士终因寡不敌众而陷入绝境。当敌人向肖福祯扑来之时，他策马纵身跳进激流中，为心目中的革命理想献出了生命，时年49岁。