可是，徐介藩却不以为然，随即表达了自己的看法：“根据哈军工毕业生的使用单位反映：‘该院毕业生政治上、业务上都是好的，技术也是过得硬的，为各军兵种建设做出了贡献’……那么，为什么根本错误的教育路线却能培养出合格的毕业生？”

　　徐介藩的话说出了哈军工多数人的心声，围绕着学院的教育路线，他甚至和领导拍了桌子，徐介藩的刚直，从中可见一斑。

　　1959年4月，徐介藩当选为全国政协委员（特邀人士）。同年9月，在庐山会议上，中央军委副主席、国务院副总理兼国防部长彭德怀因向毛泽东主席上“万言书”而受到错误的批判。在当时全军上下一致批彭的“非常形势”下，徐介藩却不怕被扣上“军事俱乐部”成员的帽子，认认真真地阅读了彭德怀所写的“万言书”，斩钉截铁地认为：“我看彭老总没有错！”

　　1960年8月，徐介藩被调往西安负责筹建中国人民解放军装甲兵工程学院，1961年5月15日，装甲兵工程学院在原哈尔滨军事工程学院装甲兵工程系的基础上正式成立，王振祥任院长，王再兴任政委，徐介藩任主管教学工作的副院长。

　　庐山会议之后，林彪主持中央军委工作，大搞“政治挂帅”。装甲兵工程学院一些人也投其所好，大搞形式主义，不断压缩学院正常的军事技术课程，把时间耗费在政治学习上。一贯敢于直言、发表不同意见的徐介藩认为：装甲兵工程学院应以技术课为主，政治课不能安排太多！那些人听到徐介藩的意见之后，认为他没有高举毛泽东思想的红旗，给徐介藩扣上一顶“重技术、轻政治”的大帽子。不久，组织上决定调整装甲兵工程学院的领导班子，作为老同志，无论是资力、威望，还是工作能力，徐介藩都是院长一职的热门人选。但是当组织上提名比徐介藩年纪轻、资历浅的副院长沙风大校担任院长后，徐介藩完全服从组织上的安排，表示自己将全力支持沙风的工作。因为在徐介藩看来，自己满腔热忱参加革命，为的是救国救民，为的是富国强兵，而不是追求升官发财。这充分表现了一名老党员的宽广胸襟。

　　1961年8月，国务院总理周恩来签署晋衔命令：晋升徐介藩为装甲兵少将军衔。

　　1964年10月，林彪一纸电令把徐介藩他们辛辛苦苦创建的哈军工调出军队序列，让远在西安的徐介藩很是痛惜。这年年底，徐介藩当选为第四届全国政协委员（特邀人士）。1965年，徐介藩正式离职休养。

　　“文化大革命”开始以后，曾长期在苏联工作的徐介藩虽然已经离休，无职无权，但还是被林彪、康生及其党羽诬以“苏修特嫌”。1968年4月，徐介藩被非法关押在北京郊外的通县进行“隔离审查”，强令他“交代问题”，并受到“专案组”的残酷迫害，酿成了脑血栓后遗症。直到林彪折戟沉沙之后，徐介藩才被解除了监禁，但是组织上还是没有对他的“问题”做出任何结论，徐介藩的头上还顶着一个“苏修特嫌”的沉重罪名，接受无休止的审查。

　　邓小平主持日常工作以后，开始对“文化大革命”以来极“左”的错误进行全面整顿，经过多方努力，徐介藩问题的解决终于有了转机。1975年12月5日，中共中央专案审查小组第三办公室对徐介藩做出了“解除审查”的结论。

　　党的十一届三中全会以后，我党开始了全面拨乱反正工作。1979年3月29日，中国人民解放军总政治部推翻了林彪一伙强加在徐介藩身上的种种不实之词，正式为徐介藩做出了平反的决定，恢复名誉，积郁在徐介藩心头多年的闷气一扫而空。

　　1981年，徐介藩享受正军级待遇：次年，中央军委又批准他享受副兵团级待遇。