20世纪50年代，黄慕兰因受“潘杨案”牵涉，两度入北京秦城监狱，辗转17年。在“文革”之乱中，许多难友因过度忧郁、神经受损害，有的竟失去了记忆力。但她当时却乐观地看到事物的另一面，她说：“我觉得软禁在此，倒是使我们免受外面风暴冲击折磨之苦，乃是对我们的一种保护，内心充满着期待平反恢复自由的乐观精神，因而思想开朗，并坚持勤练太极拳，故能保持身体健康。”20世纪80年代，她在邓颖超的帮助下，顺利平反，并任上海市政府参事。1993年移居杭州。

　　晚年，黄慕兰一直低调地生活在杭州，她爱看电视，每天必看《新闻联播》，对以地下党情报人员为主角的电视剧很有兴趣；还爱打麻将，中午必打一小时纸麻将。

　　黄慕兰还爱写诗，常常坐在洒满阳光的书桌旁，写上一两首小诗。“一缕幽香，万般情意，沁入柔肠千结。回忆北伐扬鞭，年少风光卓绝。壮志豪情报国心，如荼火热。抛家出走忘朝夕，挥剑誓除荆棘。世间事，自多曲折。肝胆照，同仇巾帼。救死抚伤，神驰先烈。强敌崩溃，人民欢悦。又谁料风波再涉。感明镜，鉴我无私，还我本来清白。”这是黄慕兰老人在其自传出版时写的一首诗，写出了她一生的忠诚与情怀。