转移到阜宁。1941年7月初，新四军军部撤出盐城，向阜宁地区转移，先后移驻左家庄、刘家舍、侉周庄、停翅港、单家港等地。在此期间，军部组织新四军各部投入反“扫荡”战斗，指挥部队与敌人展开游击战，相继收复阜宁、东沟、建阳等镇，粉碎了日伪军巩固其占领区、消灭抗日游击武装的企图，胜利保卫了华中抗日根据地。

    驻留黄花塘。1943年1月10日，新四军军部和中共中央华中局机关迁至盱眙县黄花塘，在此驻留两年多时间。在此期间，军部领导全军开展整风、大生产、军政大整训，粉碎了日伪军的“扫荡”“清乡”和国民党顽固派的摩擦、进攻，巩固和发展了华中抗日根据地，为顺利进行战略反攻、夺取抗日战争的最后胜利创造条件。

    再移千棵柳。1945年2月28日，军部由黄花塘转移至江苏盱眙县东南约50公里处的千棵柳。之后，新四军拟发动淮南津浦路西反顽战役，从整个战役考虑，军部决定随参战部队一同移至淮南津浦路西。4月10日，军部从千棵柳迁驻淮南津浦路西的大赵庄。战役告捷后，军部再度迁至千棵柳，直至抗战结束。其间，在军部指挥下，新四军各部实行战略反攻，攻克阜宁、睢宁县城及100余处重要据点，歼灭日伪军3万余人，发展并创建了苏浙皖边和湘鄂赣边抗日根据地。

    抗日战争胜利后，新四军军部还曾搬迁至江苏淮阴和山东临沂。1947年1月21日，新四军兼山东军区和华中军区合并为华东军区，山东野战军和华中野战军合编为华东野战军。至此，新四军完成了它的历史使命。