１９５３年７月，秦基伟到云南军区任副司令员。１９５５年４月，云南军区改称昆明军区，秦基伟改任昆明军区副司令员。

    １９５５年的中将，１９８８年的上将

　　１９５５年９月，秦基伟被授予中将军衔。

　　同月，昆明军区司令员谢富治调中央工作，秦基伟升任昆明军区司令员。

　　秦基伟是１７７位中将中最早担任大军区司令员的。这是好事，也是坏事。好事是，当主官有了建大功立大业的平台；坏事是，１９６６年那场席卷中国的史无前例的“文化大革命”，让秦基伟成了大军区一级的高级将领中最早下台的人。

　　１９６７年２月１２日，周恩来派了一架飞机，把秦基伟接到北京，安排在京西宾馆，没了职务，也没有任务。在周恩来的保护下，虽然秦基伟在“文化大革命”的第一个浪头下，成了没有还手之力的“死老虎”，但却躲掉了挨打、侮辱人身的事件。与不少老干部受冲击、折磨，甚至被整死相比，秦基伟最早下台算是“因祸得福”！

　　１９６９年３月至８月，中苏边境接连爆发了几起冲突事件，中共中央发出通知，在北京的中央党政军主要领导人及一些老同志，于１０月２０日以前全部战备疏散。１０月上旬，秦基伟带着女儿畹江，“疏散”到了湖南省汉寿县的一个军垦农场。从此，秦基伟开始体力劳动。

　　１９７１年９月，林彪事件后，中国的形势稍有变化。１９７２年３月，秦基伟被允许到长沙治疗在农场落下的肩周炎。

　　１９７３年４月下旬，广州军区一位政治部副主任受中央军委的委派，来到湖南某疗养院，把秦基伟等人叫到会议室，传达了军委指示，宣布秦基伟和李成芳、王蕴瑞等３人去北京，其他人去昆明。这位副主任传达完后，又集合了疗养院的工作人员和那些监督的人，宣布：“从现在开始，你们不准喊老秦老李了，要喊首长，要服务好，务必做好保卫工作。”

　　几天后，广州军区派车来接秦基伟、李成芳和王蕴瑞等３人，并组织他们到韶山参观了毛泽东故居，然后从长沙上火车。４月２８日，秦基伟到达北京火车站，解放军总政治部派人把他接到北京海运仓招待所。

　　４月２９日，秦基伟接到通知，五一劳动节，党和国家领导人陪同外宾游园，要他参加。５月２日，秦基伟的名字见了报，老战友们知道秦基伟被解放了，纷纷前来看望。久别重逢，各历其险，彼此之间都为能活着相见而感慨万千。

　　５月２８日，中央在京西宾馆召开一个工作会议，通知秦基伟和李成芳参加。在小组会上，周恩来说，国务院人手缺，部长亟需补充；问秦、李两人愿不愿到国务院工作。李成芳说“愿意服从分配”；秦基伟除了说“愿意服从分配”外，加了一句“我的文化程度不高，到国家部门工作有困难”。周恩来笑了笑对秦基伟说：“你是文化人中的没文化人，没文化人中的文化人。”这个评价不低。当然，秦、李两人的工作问题，周恩来没有作最后决定。

　　７月初，秦基伟被任命为成都军区司令员。

　　１９７５年１０月，秦基伟被任命为北京军区第二政治委员。１９８０年１月，秦基伟改任北京军区司令员。

　　１９８４年１０月１日，为隆重庆祝中华人民共和国成立３５周年，人民解放军在北京天安门广场举行了盛大的阅兵仪式。阅兵总指挥、北京军区司令员秦基伟陪同中央军委主席邓小平，乘坐敞篷检阅车检阅了陆海空三军部队。

　　１９８７年１１月，秦基伟由北京军区司令员升任国防部部长，当选为中央军委委员。１９８８年被授予上将军衔。

　　１９９３年３月，秦基伟当选为第八届全国人民代表大会常务委员会副委员长。１９９７年２月２日１点５８分，秦基伟因病医治无效，在北京逝世。