4月14日，南京代表团经过一天研究，提出一个修正案。后来，张治中在他的回忆录中写道：“这个修正案和原草案最大的不同之点是：词句力求和缓，避免刺眼的词句，同时对军队改编、联合政府两项也有若干的修正。”当晚，张治中把这个修正案交给周恩来，两人长时间交谈。15日晨，其他南京代表又同中共方面代表分别交换意见。15日晚7时，周恩来把最后定稿的《国内和平协定》最后修正案送交张治中，并定在当晚9时举行第二次会议。周恩来对张治中说：这是最后一个文件。张治中说：“所谓最后的文件，是不是解释为最后的通牒？是不是只许我说一个‘对’或者‘不对’?”周恩来表示：这是最后的态度。张治中说：“也好，干脆！”

　　会议开始后，周恩来先把接受南京代表团所提修正之点作了说明。他着重指出：在定稿所作的修改中，最重要的是中国人民革命军事委员会的权力问题。他说：文白(即张治中的字——引者注)先生和其他代表都希望能有变动。经过我们的考虑，觉得为使和平事业能实现，我们愿意让步。在联合政府成立之前，双方成立的机构，还是用一种合作的办法，南京国民政府行使政权，一直到自己宣告结束之时，也就是联合政府成立之后，同时与人民革命军事委员会合作协商，以解决过渡时期一切问题。在军事方面，成立整编委员会，依照定案上所规定情形办理，上面不再冠以“人民革命军事委员会统率”和“指挥”字样。军事整编委员会双方合作，政权方面则互相协商解决。这是我们一个重大让步。

　　周恩来还说明，曾经讨论而不能接受的两处，那就是关于军队改编程序和人民解放军开往江南接收一部分地方政权之事。他说：以上两点我们决不能让步。若让步就失掉了毛主席所提八项条款的基本精神。至于划分时期我们不会急躁。急躁反而会发生错误，招致乱子，所以我们对军队改编要分期而且分区，初期设想只能在江、浙、皖、湘、鄂、赣、陕、陇东这些区先接收，其他地区则后一步。联合政府可在接收中或接收后成立，或还早一点，只要不出别的乱子。

　　周恩来作了上面这些说明后提出：

　　“这个《国内和平协定》，当然是中共代表团最后的定案，现在提交南京国民党政府代表团，我们期待南京代表团同意这个协定，接受这个协定，签字在协定上，使全国人民所热望的所关切的伟大和平事业，能在我们双方代表团合作如同一家人的精神上搞好。昨天，文白先生已说过，要把我们提出的稿子带回南京，说服南京当局。但愿能如此，不然，我们解放军就会向前推进，因为他们正等待着向江南推进的命令。”

　　“人民解放军没有宣布过停战。南京国民政府曾经要求停战议和。我们没有同意。我们只要求这个协定签订后永无内战。为了使谈判更顺利，所以我们愿在谈判进行期间，命令人民解放军暂时不渡江。但是，我们不能无限制地受到约束。所以我们今天正式地告诉文白先生，请南京代表团回南京去的先生转告李德邻先生(即李宗仁——引者注)和何敬之(指当时的行政院长何应钦——引者注)先生，我们只能约束到本月20日为止。到那时还不能获得协议签字，那我们就只有渡江，不能再拖延到20日以后了。”

　　“蒋介石南京政府拒绝接受《国内和平协定》”

　　周恩来讲完后，张治中只是简单地发表了自己的意见和感想，并声明明天即派人到南京请示，再行答复。最后，周恩来又谈了文件为什么采取最后方式的做法。他说：如果我们没有最后的定稿，就使南京代表团无以说服南京当局；没有这个最后的定稿，就不能使它考虑同意与不同意的问题。我们认为，一个问题一定要有一个结束。我们提的最后方案，南京代表团乃至南京当局都有它的自由，就是同意或不同意。

　　后来，张治中在回忆录中写道：

　　“回到住处后，经过代表团郑重地研究，认为这个定稿已经接受了我们所提修正意见四十余处的过半数。特别是战争罪犯一项删去‘首要次要’字样，原来把南京政府和所属部队置于革命军事委员会统率和指挥之下一句也改换了。所以，代表团一致的意见，认为尽管条件过高些，如果能了然于‘败战求和’、‘天下为公’的道理，不顾于一派一系的私利，以国家元气、人民生命财产为重，那么，只有断然接受。以诚心承认错误，以勇气接受失败，则对国家、对人民、对国民党保全者实多，总比顽固到底、失败到底的好。大家表示，只有接受这个《国内和平协定》为是。并决定在16日派黄绍竑代表和屈武顾问带了文件回南京去，劝告李、何接受。”

　　周恩来得知黄绍竑被推举回南京请示后，尽管已是深夜了，但他仍在晚上2时左右在六国饭店同黄绍竑相见，勉励他完成这项任务。黄绍竑说：“照我看，至多是五十对五十的希望，或者还要少一些，我总努力去进行就是了。”

　　1949年4月16日，黄绍竑、屈武带着《国内和平协定》到南京后，李宗仁召集白崇禧、夏威等商议。白崇禧一看完《国内和平协定》，立即怒气冲冲地对黄绍竑说：“亏难你，像这样的条件也带得回来!”说完就站起来往外走了。李宗仁则默不作声。随后，由张群带着《国内和平协定》去溪口向蒋介石请示。蒋介石看后拍桌大骂：“文白无能丧权辱国！”20日深夜，李宗仁、何应钦复电张治中并各代表，拒绝接受《国内和平协定》。

　　4月21日，毛泽东、朱德发布《向全国进军的命令》。在邓小平担任书记的总前委统一指挥下，中国人民解放军第二野战军和第三野战军的百万雄师，从20日子夜起，在西起九江东北的湖口，东至江阴，长达500余公里的战线，强渡长江，一举摧毁国民党苦心经营了三个半月的长江防线。23日，占领南京，宣告国民党反动派在中国大陆统治的覆灭。25日，周恩来为中共中央起草给渡江战役总前委的指示：对驻在南京的各国大使馆、公使馆，我们和他们并无外交关系，不要发生任何正式的外交往来，但对其人员的安全则应负责保护，不加侮辱，也不必进行登记。26日，周恩来为中共中央致渡江战役总前委、刘伯承、邓小平等电，指示一切有关外侨事件必须事先请示，不得擅自行动。5月22日，周恩来致信王炳南,国共之间的“全面和平”已非其实，现在只存“局部和平”的可能，而“局部和平”又必须在前线解决。

　　“西安事变时，我们已经对不起一个姓张的朋友，今天再不能对不起你了。”

　　同南京政府之间的和平谈判虽然破裂了，但这次谈判中提出的《国内和平协定》则产生了巨大影响。此后，中国共产党仍本着这个协定的精神，继续同国民党一些地方政府和军事集团进行和平谈判。例如：和平解决了绥远问题、和平解决了湖南问题、和平解决了新疆问题，对国民党其它地区的和平解放，以及部分空军、海军的起义。这种“局部和平”大都是在周恩来直接指导下进行的。

　　这次和谈破裂后，4月22日，张治中向南京政府和中共方面表示，定在24日回南京“复命”。周恩来得知后，当天就到六国饭店看望张治中，向他表示恳切挽留。周恩来说：

　　“这次商谈，活动紧张，大家都辛苦了，应该好好休息，双方代表团同意的《国内和平协定》，竟然为南京政府所拒绝，彼此都感到十分遗憾。目前形势发展迅速，国民党内部四分五裂，已全部崩溃。我们估计，随着形势的转移，仍有恢复和谈的可能；即使退一步说，全面的和平办不到，亦可能出现一些局部地区的和平，这个协定还是用得着的。”“代表团不管回到上海或者广州，国民党的特务是会不利于你们的。西安事变时，我们已经对不起一个姓张的朋友，今天再不能对不起你了。”

　　在周恩来深情而坚决的劝阻下，张治中和南京代表团其他代表终于留了下来。4月25日，白崇禧派飞机到北平来接代表，不但代表一个也没有回去，飞机却把张治中的夫人和家属九人一起送来北平。这是周恩来精心安排，事先通知上海地下党组织秘密地将他们送上飞机的。