1939年9月18日，第一分校在壶关县神郊大庙举行了第一期毕业典礼，朱德为毕业学员题词“从工作中继续学习锻炼自己！”毕业学员大多数被分配到129师等部队工作。从10月中旬开始，第二期学员陆续入校，总共招收了1330名学员。这时，分校奉命将学员支队建制改称大队，撤销教学营的建制。这期学员编成4个大队，学员绝大多数是来自一二九师的连、排职基层干部和少数营职干部。当时，一二九师政治委员邓小平动情地对何长工说过:“你为129师立了大功！没有第一分校，一二九师要变成钢铁雄师几乎是不可能的！”

    1939年11月3日，第一分校第二期开学典礼在壶关县神郊村举行，旋即奉命由晋东南迁往山东敌后办学。经研究决定，周纯全、韦国清带领分校领导机构、大部分教员东进，何长工则将一部分教员和第二期招收的1300多名学员组成留守大队，留守原地做好迎接抗大总校迁址晋东南的准备工作。次年，抗大总校由延安东进，经晋察冀抗日根据地辗转抵达指定位置山西武乡县蟠龙镇，何长工立即带领留守大队前往蟠龙镇归入总校建制，分校第二期学员编入总校第六期继续学习。