不过，毛泽东最担心的还是皖南的情况。停留在皖南的新四军军部，三面有国民党重兵，北面是日军封锁的长江，随时有被突然袭击的可能。他因此致电项英，询问新四军“军部及皖南部队被某方袭击时，是否有冲出包围避免重大损失的办法？其办法以向南打游击为有利，还是以向东会合陈毅为有利？渡江向北是否已绝对不可能？”随后又电告项英：“顾（祝同）有对皖南江南我军采取压迫手段之可能，望项准备应付办法，唯决不可先动手，应取自卫原则为有利。”

　　但对如何走出险境，项英同陈毅、粟裕之间发生了争论。毛泽东和中共中央支持陈、粟关于皖南军部应率部即向苏南靠拢的意见，并重申“在团结抗战时期，我军不应向友党后方行动，而应向战争区域与敌人后方行动。”但是，项英仍然犹豫不决。5月4日，毛泽东再次致电项英等，批评项英：“在一切敌后地区和战争区域，应强调同一性，不应强调特殊性，否则就会是绝大的错误。”“所谓发展，就是不受国民党的限制，超越国民党所能允许的范围，不要别人委任，不靠上级发饷，独立自主地放手地扩大军队，坚决地建立根据地，在这种根据地上独立自主地发动群众，建立共产党领导的抗日统一战线的政权，向一切敌人占领区域发展。”同时强调：“八路军、新四军和华南游击队，在西北、华北、华中、华南愈发展，共产党在全国范围内愈发展，则克服投降危险争取时局好转的可能性愈增加，我党在全国的文章就愈好做。”“在应付可能的全国性的突然事变的问题上，也只有采取斗争的方针，才能使全党全军在精神上有所准备，在工作上有所布置。否则，就将再犯一九二七年的错误。”

　　根据这个指示，陈毅立刻率部北渡长江，挺进苏北，打破了国民党全部消灭新四军于苏南地区的图谋。但项英固执己见，不仅丧失了转移的时机，而且对国民党顽军可能发动的突然袭击也没有必要的准备，致使皖南新四军军部愈来愈陷入危险境地。

　　1940年7月，蒋介石更是加快了反共的步伐。7月16日，他提出“中央提示案”，要求共产党将陕甘宁边区改为陕北行政区，归国民党陕西省政府指导；将八路军、新四军活动区域限制在冀察两省、鲁西北及晋西北一带，并严令八路军、新四军在1个月内全部开赴上述划定地区。这立刻使国共两党谈判陷入僵局。毛泽东要求各根据地在加紧同日本侵略军作战的同时做好反磨擦的准备。在此期间，江苏省政府主席韩德勤秉承蒋介石的旨意，乘八路军进行“百团大战”之际，于9月3日向位于苏北的新四军发动进攻。为打退顽军的进攻，毛泽东命令黄克诚率八路军第5纵队南下增援新四军苏北部队。10月3日，他又致电周恩来向国民党当局说明我们的方针是：“韩不攻陈，黄不攻韩；韩若攻陈，黄必攻韩。望先告何应钦停止韩之行动，否则八路军不能坐视”。但国民党顽固派无视共产党的劝导，于4日向退守在黄桥地区的新四军发起进攻。新四军苏北部队在陈毅、粟裕指挥下，奋起还击，歼顽军韩德勤部主力1.1万人。黄桥战役后，新四军在苏北敌后站稳了脚跟。10月10日，八路军第5纵队南下先头部队同新四军北上的先头部队会师，打通了华北和华中联系的通道，更加强了新四军的力量。

　　这时，国际形势又发生了新的变化，德、意、日在柏林签定了三国军事同盟条约，英、美也签定了协定，两大集团的斗争更加激烈，都想拉蒋介石加盟；苏联也在继续援助国民党政府。这样，蒋介石得意忘形，执意反共。10月19日，蒋介石以参谋总长何应钦、副参谋总长白崇禧名义致电朱德、彭德怀、叶挺（通称“皓电”），限八路军、新四军一个月内全部开到黄河以北。这是国民党发动大规模反共高潮的开端。毛泽东对“皓电”的处理特别