1948年，当选为中央研究院院士，出任中国物理学会理事和北平科学工作者协会理事长，并加入九三学社。

    1949年9月，中国科学院院长郭沫若到物理研究所访严济慈时，提出要他出任中国科学院办公厅主任。从此，他的科学生涯开始了新的一页。他访能纳贤，知人善任，带领新老科学家团结一致，建设经济，发展科学。他先后出任中国科学院办公厅主任，东北分院院长。数理化学部委员，技术科学部主任、副院长，中华全国自然科学专门学会联合会秘书长，中国科技大学副校长、校长，《科学通报》主编和《中国科学》主编等职务。积极致力拓展我国科技同国际间的合作与交流。1988年获密特朗总统授予的法国荣誉军团军官勋章。同时他还是著名的社会活动家，他曾任全国人大常委会副委员长，中国科学院主席团执行主席，中国科学技术协会名誉主席，九三学社中央副主席、名誉主席等职。

    严济慈是我国现代物理的研究工作开创者之一。在新中国科学技术发展的史册上，他付出了辛勤的汗水，留下了光辉的足迹。几十年来，他一直忙于科学的管理工作，“重进实验室做科学研究”成为他未了的心愿。  1980年 1月，他以80岁高龄加入了中国共产党。

    1996年严冬，享年96岁的严老在鲜花翠柏之中长眠。