《古田会议决议》体现了“党的建设科学化”思想的丰富内涵，毛泽东在党的思想路线、党的思想建设、组织建设、党对军队的绝对领导等方面进行了深刻的阐述和成功的探索，为新时期进一步加强党的执政能力建设和先进性建设，努力提高党的建设科学化水平，提供了理论的源泉和历史的启示。
    ——调查研究、实事求是的思想路线，是党的建设科学化的行动指南。毛泽东一贯注重调查研究，把深入调查研究作为了解中国革命实际情况，制定方针策略的最重要的方法之一，这与当时党内盛行的“本本主义”，脱离中国革命实际的思想作风形成了鲜明的对比。为了开好古田会议，毛泽东先在长汀城召开工人座谈会，听取工人群众对红军的意见。后来又进行“新泉整训”，在新泉短短的10多天里，毛泽东从“望云草室”到农家村舍，从部队驻地到练兵场上，召开了一个个座谈会，进一步摸清了红四军指战员的思想、政治状况，对应该纠正的错误思想，进行梳理分析，对如何加强党和军队建设等问题，广泛听取官兵的意见，著名的《古田会议决议》就是毛泽东调查研究，联系实际，吸收党内集体智慧的结晶。
    古田会议开始探索和阐发“实事求是”的思想路线。毛泽东在分析党内各种非无产阶级思想的根源时，一针见血地指出主观主义对于革命事业和党内团结的危害性：“因为对于政治形势的主观主义的分析和对于工作的主观主义的指导，其必然的结果，不是机会主义，就是盲动主义。至于党内的主观主义的批评，不要证据的乱说，或互相猜忌，往往酿成党内的无原则纠纷，破坏党的组织。”纠正的方法，毛泽东提出：一是“教育党员用马克思列宁主义的方法去作政治形势的分析的阶级势力的估量，以代替主观主义的分析和估量。”二是“使党员注意社会经济的调查和研究，由此来决定斗争的策略和工作的方法，使同志们知道离开了实际情况的调查，就要堕入空想和盲动的深坑”。这样才能达到“党员的思想和党内的生活都政治化，科学化”。这里所说的“马克思列宁主义的方法”、“调查和研究”、“政治化、科学化”，实际上已涉及党的思想路线问题，这也是古田会议能成功召开的关键所在。1930年5月，毛泽东在《反对本本主义》一文中进一步提出了“没有调查，没有发言权”和“中国革命斗争的胜利要靠中国同志了解中国情况”等著名论断，形成了实事求是的思想路线。经过延安整风，全党在毛泽东这一“实事求是”的思想路线的基础上达到了空前团结。直至今天，古田会议阐发的实事求是的思想路线，始终是实施党的建设伟大工程的行动指南和力量源泉。
    ——着重从思想上建党，是党的建设科学化的根本方针。加强思想建设，纠正党内各种非无产阶级思想，是古田会议的中心任务。为了解决思想建设问题，毛泽东首先剖折了党内不正确思想的来源，一是由于“党的组织基础的最大部分是由农民和其他小资产阶级出身的成分所构成的”，二是“党的领导机关对于这些不正确的思想缺乏一致的坚决斗争，缺乏对党员作正确路线的教育”。接着，毛泽东列举了党内存在的单纯军事观点、极端民主化、非组织观点、绝对平均主义、主观主义、个人主义、流寇思想、盲动主义残余等8种错误思想，并针对性地提出了纠正办法。毛泽东主张从思想教育入手，提高党内的政治水平，从理论上思想上纠正产生各种错误思想的根苗。他强调“红军党内最迫切的问题，要算是教育的问题”，“要有计划的进行党内教育”。决议提出了党内教育的10项内容和18种方法，以加强党内思想教育。毛泽东还把开展党内批评作为党的思想建设的重要一环。强调指出“党内批评是坚强党的组织，增加党的战斗力的武器”。还就批评的方式方法作了说明：“党内批评要防止主观武断和把批评庸俗化，说话要有证据，批评要注意政治”。古田会议决议中表述的这些思想，已包含了党的思想建设的基本要素，体现了“着重从思想上建党”的突出特色，成为加强党的建设的根本方针。