牡丹原产我国西部地区“大抵丹延以西及褒斜道中”（今宝鸡境内），早在3000年前其药用价值就已被我们的祖先所认识，用以观赏的人工栽培历史可以上溯到1500年前的南北朝时期。宋·欧阳修《洛阳牡丹记》当今闻名天下的牡丹王国当数河南洛阳，山东荷泽，然而延州牡丹则历史最久，且优良品种在唐朝时已引进到洛阳，曹州（荷泽）至今仍有“延州红”（延安）、“丹州红”（宜川）延续已千年以上，1942年乐天宇、徐纬英（陕甘宁盆地植物志）亦称，延安万花山有野生牡丹，“5月盛开，与苍柏共生，极为美观”，据有关专家鉴定为中国牡丹的原生种之一，具有很高的科研和种群保护价值，山为名花占，万花山因此也得名于牡丹，又荣于牡丹。洛阳牡丹兴盛之前，天下牡丹以延安为宗，所以延安是中国牡丹的故乡。
 另据《延安府志》载，早在宋代州人应有赏牡丹的爱好，可查的观花史已有上千年，民间传说时间更早。从明朝弘治年（1497年）延安知府李延寿的石碑引言中可推算到六朝时期，万花山就有牡丹，解放前农历四月初八，万花山有庙会是专门观赏牡丹花。牡丹主要颁布于万花山东坡上，约5万余株，三百多亩，二十多个品种，每年农历四月八前后盛开，小满后凋谢，花期月余，花色分红、紫、黄、白、粉、绿六大色系单瓣多，复瓣较少。花型分单瓣型，托桂型，皇冠型三大花型。近年来发现有黑色珍贵牡丹出现，更是王中王，国色天香，倾国倾城。
 万花山牡丹因其生长在黄土高原上，所以在这种生态环境中长期生存进行着系统发育，年深月久便形成了“性宜冷畏热，喜燥恶温”的生态习性，由于它的立地条件干旱少雨，年生长量也很少，因而形成了矮小灌木。高不过1米，由于自然杂交有时一株花上还能竞放数种花色，花盏艳丽，芳姿可人。

 
 崔府君庙
 
 在万花山的东坡上，有一院小小的庙宇，建于何朝何代已无法考证。仅据明朝弘治年间延州知府李延寿镌碑称，他于丁已年（1497年）游万花山时，已有此庙。庙院内有柏树两棵，牡丹花两蓬，形成一幅对称图案。李延寿游牡丹山题诗两首原碑立于两侧，因年代已久字迹剥落，又于东侧依原样新镌刻石碑一通，上刻游诗二首：
 其一：劝巡行到牡丹山，其二：一株豪垒人争赏，
       花发偏宜雨后看。      守似延安花满山。
       万朵鲜荣无异种，      远近随风香馥郁，
       一樽噙赏有同官。      高低迎日锦烂班。
       清香动处风初红，      好呈雨露时滋息，
       乌帽簪来露未干。      莫遣儿童浪折攀。
       自是天然真富贵，      只恐和根移上苑，
       何须白宝巧为栏。      追陪黄紫近天颜。