1936年10月初，红二方面军放弃成县、徽县、康县、两当等地，向天水方向突围。晏福生率红16师担任前卫，当部队进至礼县罗家堡时，突然遭遇敌军两路阻击，敌人在飞机、大炮掩护下，反复向我军阵地发起猛攻，师长张辉同志在激战中英勇牺牲。击退敌军后，晏福生又指挥部队掩护军团部和第17、18师转移。当部队即将全部通过时，敌军又从左右两个方向压来，他指挥部队边打边撤。正在这时，敌人从侧面扫来的机枪子弹击中他的右臂，顿时血流如注。警卫员把他抬到一个隐蔽的地方，简单地为他包扎了伤口。这时敌人又追了上来，在这紧急时刻，他首先考虑的是党的机密和同志的安危，他命令两个警卫员带上他的武器和装有文件、密码本的公文包冲出重围。警卫员不愿离开自己的首长，晏福生对他们说“三个人在一起目标太大，我又负了重伤，行动不便，很难甩掉敌人。为了保存好文件和密码本，你们必须活着冲出去。”就这样，在不得已的情况下，他两把晏福生背到山坡上一个比较隐蔽的地方，然后甩出两颗手榴弹，趁着烟雾，带着武器和公文包，冲出了敌人的包围。

    当晚部队到达离罗家堡30多公里的红和镇，军团首长王震、陈伯钧得知晏福生没有回来，非常着急。又派模范师师长刘转连带一个营返回寻找，但没有找到。几天后，王震在一次干部会上为已经“牺牲”的晏福生表示了哀悼。

    警卫员离开后，晏福生忍着伤痛，连滚带爬，藏进一个土窑洞里，躲过了敌人的搜查。敌人走后，他在一个老乡家里住了一夜，用身上仅有的两块银元跟老乡换了一身破旧的便衣，便托着伤臂顽强地去追赶部队。

    晏福生冒着敌人的严密搜索，强忍着钻心的伤痛，一路白天要饭，夜间赶路，经过半个月近千里行程，终于在通渭县境内找到了红四方面军的一支部队。由于得不到及时治疗，加上半个多月风餐露宿，他的伤口已经开始化脓。开始红四方面军的同志不认识他，恰遇他的老首长、原红6军团的军团长萧克调任红四方面军31军军长。萧克看到他伤势严重，立即派人把他送到红四方面军总部医院治疗。这样，晏福生也成了在长征路上两次“光荣牺牲”的战斗英雄。

    1936年10月，晏福生随红四方面军总部医院西渡黄河组成西路军，开始了浴血河西走廊的艰苦历程。过河后，他因伤势严重是被战士们抬着跟随部队行军。进入山丹县境内后，他的伤口再次恶化，不得不做了截肢手术。1937年2月底，西路军转战至临泽倪家营一带时，部队伤亡很大，军事干部奇缺，此时他伤口还没有痊愈，就被西路军军政委员会副主席、总指挥徐向前任命为西路军总部教导团政委(教导团团长是后任兰州军区司令员的杜义德)、梨园口阻击战中，晏福生所在部队顽强奋战，因力量悬殊，部队被打散。与部队失去联系的他和几位干部战士困在祁连山数日，弹尽粮绝，他多次化装出山为战友们讨饭。部队离开祁连山分散后，大部队都已撤离，他只能只身一人装哑巴，日夜兼程朝东北疾进。一路讨饭，历经艰险，3月底过了黄河，到了镇原，回到了31军军部。他不畏艰险，坚持革命，顽强不屈，勇于牺牲，自1934年8月从井冈山走出来，经过长征、西路军血战河西走廊的历程，于1937年5月回到了延安可以说是长征走得最远的红军战士之一。

    回到延安后，晏福生被组织安排进入抗日军政大学学习。1938年3月，他担任359旅717团政治委员。6月，他率部挺进恒山地区，开辟新的敌后抗日根据地。1947年9月，晏福生又任东北野战军第28师政治委员，率部参加了抵抗国民党在东北的秋季攻势、冬季攻势的战斗。1948年10月，在辽沈战役中，他率领28师与兄弟部队一起参加锦州战役。