同年秋季，经共产国际批准，将抗联部队整编为东北抗日联军教导旅，又称国际第八十八旅，由周保中任旅长，李兆麟为副旅长兼政委，并建立了中国共产党东北委员会，结束了自中共满洲省委撤销后东北党组织无统一领导，各自为政的局面。周保中在中共东北委员会的领导下，与李兆麟等领导两营战士进行全方位的多技能军事训练与政治教育，他率先示范参加军事训练。抗联老战士李敏跟记者回忆起学习跳伞时的情景：“周保中克服心理障碍，率先带头跳伞，为战士们树立了榜样。”

　　在东北抗日斗争的最后三年，周保中一面领导军事、政治训练，一面抓住时机派出游击小分队越过边境，深入各地开展游击斗争，为全民族的解放事业做出了卓越的贡献。

　　笔耕不辍留下珍贵史料

　　建国后，周保中先后当选为第一、第二届全国人民代表大会代表、国防委员会委员，中共第八届中央委员会候补委员、政协第二届全国委员会委员、第三届全国委员会常委等职，荣获一级八一勋章、一级独立自由勋章和一级解放勋章。

　　周保中在东北抗联时期坚持每天记日记，《周保中抗日游击日记》为研究东北抗联提供了珍贵的史料，八女投江的事迹就是周保中在日记中最先记载而为后人所了解。从1953年开始，周保中在身体多病的情况下，写下《东北的抗日游击战争和抗日联军》、《东北人民抗日游击战争概况》、《忆东北抗日游击战争》等回忆资料近20万字，后来又满含深情地写了回忆杨靖宇、赵一曼、陈翰章、车老四、姜墨林、八女投江等抗日英雄的文章。艰苦卓绝的东北抗日斗争，数不清的英雄战友的悲壮事迹，使他难以平静，常常日夜写作，一发不可收……

　　1964年2月22日，周保中因心脏病突发溘然长逝，享年62岁。