事后，红军游击队修械所被国民党南康警卫队袭击，抄去在修枪支80余杆。为了夺回这批枪支，萧云发于9月26日联合南雄彭显模、李乐天红军游击队共400余人枪，在南康龙回窑下设伏，以“引蛇出洞”的战术，伏击国民党警卫队500余人，打死100余，缴获步枪百余支、冲锋枪7支。同年10月的一天，萧云发的队伍伪装并打着南康靖卫团的旗号，顺利通过赣县王母渡的层层岗哨，猝然出现在敌人面前，缴枪20余支、布匹10余担，解决了红军游击队员及苏区政府人员的过冬衣被问题。
    萧云发在关键时刻能身先土卒，排除万难，夺取战斗胜利。1932年2月的一天，信丰县国民党警卫大队密谋了一个妄图“踏平”西北苏区的计划，调动了古陂、金鸡两地的靖卫团和平渡、西牛的地方民团，加上警卫大队5个中队共3000余兵力，分左中右三路向大阿苏区进攻。驻大阿圩的萧云发队伍只有200人枪。在敌我悬殊之下，政委刘诗艾提议避敌锋芒。萧云发“蛮劲”一起，认定只有坚决抵抗才能捍卫苏区。于是，率领红军游击大队直奔中路向敌军迎战。当队伍前进到岭子下拱桥时，遭到居高临下守敌的火力阻击，红军游击大队先锋队见势凶猛，稍有退缩。萧云发赶到前沿，坚决命令：“只许前进，不许后退！”当即组织了三次冲锋，但三次都被阻止。萧云发命令第四次冲锋，旗手又倒下了。萧云发按耐不住内心的急燥，举起驳壳朝高地连发数枪，箭步冲上，拾起地上的红旗，一会往左跑，一会往右跑，跳过3米宽的河道，猛向高地冲去。国民党守敌见萧云发部来势凶猛，往后溃退。红军游击大队后续部队乘势占领高地，向逃敌猛烈射击。霎时间，后退敌人和前进敌人来回相撞，乱成一团。萧云发捡起敌人丢下的军帽、白袖章，拿起敌人的步枪，追入敌群，连续刺死数名敌人。队员门也跟着化装，冲入敌群，进行白刃格斗，大杀出手。敌人无法辨认红白，纷纷逃离。这一仗缴获步枪300余支，鸟枪、梭标无以计数。
    击败中路敌军后，萧云发率队迎战左路敌军。左路敌军见强于自己的中路军都被打垮了，内心早有几分恐惧，站在原地进退无主。游击队见此状况，立即展开政治攻势，高喊：“白军弟兄们！我们是萧云发的认伍，你们丢下武器回去吧!不然我们就开火啦!”敌左路军老老实实弃枪走了。右路敌军未等红军游击队调头来攻也早早撤退了。
    红军游击队的宗旨是为人民的利益而战斗。因此，萧云发的队伍不断地得到群众的欢迎和积极支持。1931年冬的一天，大余新城群众向萧云发提供情报，说新城豪绅曹聚兴既娶媳妇又祝寿。萧云发认为这是一个劫富济贫的好机会。当即带领队伍于前一天夜晚隐藏在基本群众家里。是日下午4时许，正当曹曹聚兴家厅堂烟云弥漫，祝寿贺喜的豪绅入席就坐时，游击队突然冲进宴厅，将曹聚兴及在场的二三十个豪绅、团总全都抓获，缴枪5支，筹集银元6000余元，皮袄、绸缎、布匹一大批，并抬出曹聚兴3箱铜元，分发给当地贫苦群众。事后，将3名罪大恶极的劣绅和靖卫团总处决了。

    几天后，大余群众反映国民党大余税警有个分队，经常在该县元龙拦截商人抽税，连老百姓挑的食盐、烧柴、木炭也要抽税，要求游击队去惩治他们。十几天后，萧云发的队伍在大余与南雄交界的元龙茶亭，打了税警一个伏击仗，打死警士5名，缴获步枪10余支、手枪1支。税警再也不敢在此为非作歹。
    萧云发要求部下严格，却又能体恤战士，深为大家所拥护。他常常说，对伤员要特别关照，他们是为革命负伤的，有什么好吃的应给他们送去，对牺牲的同志，要开追悼会。1931年4月，游击大队一中队战士宋承富在攻打县城的战斗中负伤，萧云发赶紧叫担架把他送往医院，临走时，抓了一把光洋放在宋承富身边，叫他自己买些营养补品，再三叮嘱担架员派人护理好，宋承富感动得流下了泪。同年冬，萧云发的贴身助手刘传富在大余元龙战斗中英勇追敌，光荣牺牲。萧云发痛心疾首，挥泪不止。为他开了追掉会，买了一付最好的棺木安葬了他。
    正因这样，萧云发在士兵中享有很高的威望，常常被部下尊称为“老头子”。许多人愿意编入他的队伍，心甘情愿地在他的部下英勇奋战，甚至不惜流血牺牲。他领导的队伍虽然多次的、大量的输送到红军正规部队，而留下的余部却仍然不断壮大。1930年冬，他的队伍发展到700余人，编为信丰独立团，萧云发任独立团团长。同年11月，他的部队被编入红三十六军，他被任命为红三零七团团长，后又改任军部副官长。
    在中央苏区“感化院”劳动教养。长期的、艰苦的游击战争，把萧云发的革命意志磨练得更加坚强。但由于他忽视了自己的思想改造，没有用党的严密的组织性、纪律性约束自己，以至使自己在分散游击的日子里，逐渐酿成了居功骄傲、吸毒和乱打土豪的错误，违犯了红军纪律，违背了中共的方针政策，在红军游击队里造成一定的坏影响。为了教育和改造他，红三军九师于1932年2月派部配合他打开团岭反动据点之后，于4月收编了的他赤卫军，撤销了他独立营营长的职务，将他带往中央苏区驻兴国的“劳动感化院”，进行劳动教养。
    在苏区劳动感化院里，萧云发分配在被服厂做裁缝。于是，他重操旧业，又干起了针线活。在教导人员的指导下，他一面努力学习党和红军的方针政策，提高思想认识，一面勤勤恳恳地进行劳动改造。通过一年的学习、劳动，萧云发待人谦虚、诚恳，工作服从分配，大烟也戒了。他的进步得到了苏区劳动感化院领导的肯定，受到组织的表扬。

    留苏区坚持斗争遭叛徒杀害。1934年冬，红军主力撤离中央苏区后，中共中央分局成立了中共赣粤边特委和军分区。这时，感化院撤销了，萧云发由兴国转到于都，调在赣粤边军分区部队，于1934年12月随李乐天、杨尚奎带领的部队回到油山，参加赣粤边艰苦的游击战争。1935年初，红军游击队在油山分兵，萧云发被分回信丰担任游击队队长，先后到谷山、大余洋口等地活动。当地的豪绅知道萧云发的厉害，但又无奈于他，便捏造了一个陷害他的谣言：“萧云发企图叛变投敌，只是他的部下不肯。”红军游击队听到这个传说，便以讹传讹地传到了军分区司令员李乐天的耳朵里。李乐天早就了解萧云发，他不信谣，于1936年1月将萧云发派到北山游击支队去负责。
    5月的一天，北山游击支队另一名负责人黄年洪以观察地形为名，邀萧云发同往山坑择定哨位。二人进了山坑之后，黄年洪要萧云发走前面，萧云发毫无戒意。走到山背拐弯处，黄年洪一声黑枪响，萧云发随声倒下，当场牺牲。黄年洪立即把萧云发身上的两支快机驳壳搜去，携带3支手枪，投奔了国民党军驻大余的军部。
    正在萧云发自中央苏区劳动感化院获得新生，想以自己的行动悔过自新时，他却倒在了叛徒的手下，牺牲时，年仅34岁。萧云发的一生是革命的一生，战斗的一生。虽然他有过一定的缺点，甚至错误，但他对人民的革命事业，始终是坚贞不渝的！