1937年5月1日，李卓然、李先念率420余人的队伍和中央派来迎接的陈云、滕代远会合。这些曾经三过雪山草地、败走二千里河西走廊、翻越风雪祁连山、穿过茫茫大戈壁的西路军战士，终于摆脱了强敌的围追堵截，战胜了恶劣的自然环境，从死人堆里爬了出来，重回党的怀抱，他们欣喜若狂，喜极而泣。而此时的李卓然感慨万千，他想得最多的是我们死了多少人啊，那些对革命事业无限忠诚，置生死于度外的战友们一个个都倒在了西征途中，自己要努力，要奋斗，要更好地为党工作，才能无愧于死去的烈士。1937年12月，李卓然同李先念等一起到了延安，受到毛泽东的接见。毛泽东说，西路军是失败了，但这不是说西路军广大的干部和战士没有努力。他们是英勇的顽强的。西路军战斗到最后，由你们带领一部分同志，排除万难到了新疆。这种坚定的行为，除了共产党人领导的红军，是其他任何军队也做不到的。最后，毛泽东勉励他们说：“革命斗争中，有胜利也会有失败，失败是成功之母，要从西路军的失败中吸取血的教训。我们中国革命的前途是伟大的，中国革命一定会最后胜利。”这一席话，李卓然一直铭刻在心，成为鼓舞他在各种艰苦环境下工作和斗争的动力。

    抗日战争时期，1938年1月至12月任中共中央军委总政治部宣传部部长。1939年4月至1941年7月任中共中央职工运动委员会委员。1939年11月至1940年9月任陕甘宁边区党委宣传部部长。1940年9月至1941年5月任陕甘宁边区中央局候补委员。1940年9月至1941年5月任陕甘宁边区中央局宣传部部长。 

    解放战争时期，1947年2月至1948年1月任边区群众报社社长。

    新中国成立后，继续任中共中央东北局常委兼宣传部部长等职。1950年4月至1953年1月任东北人民政府文化教育委员会主任。“文化大革命”中受迫害。1978年3月当选为第五届全国政协常务委员。1979年1月任中共中央宣传部顾问。1982年9月在中共十二大上当选为中央顾问委员会委员。1985年9月辞去中顾委委员职务。第二、第三、第四届全国政协委员，第五届全国政协常委会委员。中共第八、第十二大代表，第十三大特邀代表。

    1989年11月9日，李老逝世于北京。第二年8月12日，他的灵骨由夫人陆璐、子女李延凤等和工作人员送往张掖。这一天，巍巍祁连山低首致哀，滔滔黑河含悲迎灵。根据李老生前的遗愿，在省、地负责同志陪同下，先将一部分骨灰撒入梨园口，又将灵柩盒送往高台烈士陵园，看望了牺牲的董振堂军长和红五军战友。之后，将大部分骨灰送往安西县。一路上，苍松落泪，杨柳折腰，迎候李老魂兮归来。安西县负责同志闻讯，在县城东郊5公里的地方迎灵。几日后，李老的骨灰被安葬在县城南侧的红军最后一战纪念碑旁，回到牺牲的战友身边。墓碑的正面书写着“李卓然同志永垂不朽”，背面是他的生平事迹简介。落户在安西县的西路军老战士赵明祥、苟金元等同志，参加了骨灰安葬仪式，他们激动地回忆了李卓然主任传达中央指示和鼓励同志们坚定革命信念的情景，唱起了李老编写的祁连山歌：“微微峨峨祁连山，风雪刀剑裂骨寒；红旗指出峰上路，战士刀头血未干。”