陈毅在毛朱分歧中想保持中立，实际上他是偏袒朱德，排挤毛泽东的。

    当时，由于两支部队的成分和作风不尽相同，在山头主义、小团体主义等非无产阶级思想影响下，也产生了矛盾。比如，南昌起义部队有优越感，不大瞧得起秋收起义部队；而秋收起义部队则认为南昌起义部队旧军队习气重，纪律差。因而不团结的现象时有发生。这是毛泽东感到棘手的一个问题。这时，陈毅及时向四军军委和毛泽东提出改编部队，两支部队干部相互交流的建议，受到毛泽东高度赞扬。毛泽东就是在这样的情形下，于1928年5月6日给在朱德部队做党代表的陈毅写了封热情洋溢的信，其中有这样几句话：“相见恨晚，相遇平生，希遇事相商”。这是毛泽东在探求中国革命道路还不被全党认识时，一种渴求知己的感情流露，真有“嘤其鸣矣，求其友声”（《诗经•小雅•伐木》）的胸怀，只可惜当时陈毅还没有这个认识高度，不能满足毛泽东的所望。

    毛泽东辞职后，陈毅被选为代理前委书记，负责筹备红四军七大。毛主席很重视这次会议，期望能在自已所主张的正确路线上统一思想。于是，他满怀希望地找陈毅谈话，要求陈毅支持他，做一个好的决议。但陈毅对这些争论的重大意义认识不足，又害怕红四军分裂，而采取了息事宁人的做法；另一方面又要表明自已的独立见解，因此没有理会毛泽东的意见。

    1929年6月22日，七大召开了，陈毅在大会上做了报告，表达了自已对革命形势的估计、建军方针和克服党内某些错误思想等问题的看法。接着，他话题一转，对朱德和毛泽东两位军政领导各打二十板，提出了十分尖锐的批评。他批评朱德有旧军官思想，不重视思想政治工作，对刘安恭的宗派活动姑息；他批评毛泽东有个人英雄主义和家长制领导方式。陈毅说：“毛泽东同志经常说：‘马列主义是规定了世界革命的基本原则，但中国革命的具体做法要我们自已在实际中创造。’这种观点是对马列主义信任不够；毛泽东同志常说：‘没有调查研究就没有发言权’，我认为：凡是共产党员就有发言权，说错了可以纠正。” 陈毅喝了口水，接着又说：“你们朱毛吵架，一个晋国，一个楚国，两个大国天天吵，我这个郑国在中间简直不好办。我是进出之间为难，两大之间为小。我跟哪个走？站在哪一边？就是怕红军分裂，希望你们两方面团结起来。”话是这么说，他主持的七大，给毛泽东以严重警告，给朱德以书面警告，并且利用群众情绪，把毛泽东选下台。他的倾向性集中表现在他到上海向中央政治局的汇报中，明确表示：“毛泽东可以离开红四军，朱德不要离开”，“代表大会决议案主张两人都离开，但事实上朱去了指挥上有困难”，“朱去后找代替人难”，“毛的信仰差”，“毛继续工作不太好”，“中央能派人去担任他俩的工作，则两人同时可以离开，如不能同时派两人去，则先派一人，去任前委书记，毛可先走，朱暂时工作”。     七大落选前委书记，是被自下而上的夺权。这在毛泽东的生平里还是第一次，因为过去的撤职、降级、处分都是来自上级。所以，这对探索中的毛泽东，无疑是一个沉重的打击。面对自己亲手缔造和培育的人民军队被错误的领导夺权，毛泽东既无比愤怒，又十分理智。在闭幕会上，他作最后发言，说：“现在还是根据我们历来的实际斗争的经验，加强这个政治领导，加强党对红军的领导，军队要做群众工作､要打仗､要筹款。至于会议对我个人有许多批评，我现在不辩。如果对我有好处，我会考虑;不正确的，将来自然会证明他这个不正确。”

    毛泽东无可奈何地离开了前委，离开了红四军，同贺子珍、江华等人一起到上抗县蛟洋做些地方工作。他们由龙岩出发，马也被扣留了，只好步行。毛泽东因为心情不畅，离开前委不久，就病倒了，只好由贺子珍陪同，到上杭、永定农村，一边治病，一边指导地方工作。落难中的毛泽东看到贺子珍的肚子一天天地大起来，连连叹息：“我生病，你又要生产。喜事也变成了伤心的事，祸不单行。”贺子珍道：“只要你想得开，没有过不去的火焰山。鹰有时候比鸡飞得还低，但是鸡永远飞不到鹰那么高。你说是吗？”“说得好！”毛泽东连连赞叹。也许是贺子珍的劝慰有效，此后病中的毛泽东精神尚好。10月11日，农历重阳节，毛泽东住在临江庭院，望着窗外黄菊盛开，两岸霜花一片，触景生情，填词一首：《采桑子。重阳》“ 人生易老天难老，岁岁重阳。今又重阳，战地黄花分外香。   一年一度秋风劲，不似春光。胜似春光，寥廓江天万里霜。”毛泽东书写完，又感情浓重地朗诵了一遍，在旁的贺子珍也由衷地笑了，她不但为丈夫的诗词写得好而高兴，同时也为丈夫这种身处逆境而志存高远的心胸而感动。

    离开毛泽东的红四军，很快就遇到了挫折和失败。七次党代会后，部队分兵去闽西：2、3纵队出闽中，1、4纵队留闽西。当时，1纵队司令是林彪，2纵队司令员是刘安恭，3纵司令员是伍中豪。去闽中的2、3纵队打了败仗，又不得不折回闽西。9月下旬，朱德在上杭城太忠庙主持召开了红四军第八次党代表大会。召开这次会议的本意，是想解决“七大”所没有解决的一些争论问题。但是，由于前委领导不健全（陈毅去中央汇报工作尚未回来，毛泽东仍在养病）会议又没有做好必要的准备，结果，会议开了三天，与会人员七嘴八舌，毫无结果。会议期间，大家都感到毛泽东离开后“全军政治上失掉了领导的中心”，朱德表示欢迎毛泽东回前委工作，说：“大家说朱毛红军，朱离不开毛，朱离开了毛过不了冬。”红军党内广大干部和党员也要求毛泽东回来。于是，由彭祜、郭化若起草了一封信派人送去，请毛泽东回前委工作。但毛泽东回信说：“红四军党内是非不解决，我不能随便回来；再者，身体不好，就不参加会了。”回信送到上杭，前委为此给了毛泽东一个党内警告处分，并要他马上赶来。正在发疟疾的毛泽东只好坐担架来到上杭，但这时红四军八大已经结束。大家见毛泽东确实病得很重，便让他继续养病。一时，以致国民党的报纸造谣说毛泽东已死于肺结核病。在莫斯科的共产国际也以为毛泽东病故，而为此在《国际新闻通讯》上发了一千多字的讣告。

    此时，中共中央要求红四军乘粤桂军阀混战之机，将队伍拉到广东、广西去，配合那里的地方武装，建立以广东为中心的革命区域。毛泽东得知后，不顾自己越来越重的疟疾病，硬是让人用担架把他抬到龙岩城，立即找到朱德，要他正确分析两广的形势，不能盲从中央的指示。朱德没有接受毛泽东的意见；各级军官听说毛泽东是来劝他们不要去打广东的，也都索性躲开。一片苦口婆心毫无效果，毛泽东只好又痛苦地离开龙岩，来到上杭继续养病。红四军军部决定把红军的三个纵队拉去打广东的梅县。2纵队在广东边境打虎头沙时，纵队司令员刘安恭牺牲。血的教训使红四军的指战员开始认识到红军离不开毛泽东。

    转机来自中央。当时，党内军事最高领导人周恩来收到毛泽东对“二月来信”的复信后，对毛泽东的批评不仅没有反感，而且认为不无道理。他在政治局会议上做了自我批评，说“二月来信”中分散红军等说法“是有些毛病的”，共产国际代表布哈林在中共六大分散红军的主张，是不知道中国的条件，中央应坚决改变分散红军的原则。当陈毅经香港转道上海向中央汇报红四军情况后，周恩来批评了陈毅，不应该把红四军党内的矛盾公开到群众中去，在红四军“七大”上选掉毛泽东也是错误的。周恩来说：“朱毛红军对于全国的政治影响较对于闽西一处大的多多。”

    周恩来的批评，促使陈毅对毛泽东有了新的认识。他来时曾请毛泽东在他离职期间回前委主持工作。毛泽东重申：“我不能回去，你们七次大会那个做法我不能同意，我不能随便就回去。”在赴上海的途中，他多次听到群众议论“朱毛”的厉害，才知道红四军的政治影响远远超过了苏区的边界。毛泽东坚持原则不动摇，给他留下了深刻的印象；群众的议论和周恩来的批评，使他虚下心来。周恩来看到陈毅认识上的变化，提议三人（周恩来、李立三、陈毅）委员会提交政治局的意见书草案，由陈毅执笔。这就是著名的《中共中央给红四军前委的指示信》，即“九月来信”。

    “九月来信”详细分析了当时的政治形势，信中充分肯定了毛泽东路线的正确，批评了七次大会错误的东西，要求朱毛团结起来，指示毛泽东仍到前委工作。周恩来在信中也写下自己对中国革命道路的新认识：“先有农村红军，后有城市政权，这是中国革命的特征，这是中国经济基础的产物。如有人怀疑红军的存在，他就是不懂得中国革命的实际，就是一种取消观念。”关于朱、毛争论的有关问题，“九月来信”中专门提出了批评和明确的处理意见。在和陈毅面谈中，周恩来又谆谆嘱咐陈毅：“你回去后，把毛泽东请回来，继续主持前委工作；召开一次会议，澄清思想，分清是非，统一认识，最好能有一个文字决议，使大家有章可循，按规定办事。”当时中央考虑调陈毅到其他的根据地去工作，临走前，周恩来征求他的意见，鄂豫皖红军亟须加强领导，广西即将举行武装起义，他可选择其一。陈毅说：“还没有把毛泽东请回来，等办好了这件事再考虑工作问题。”