红军在川陕苏区站稳脚跟后，张开始独断专行，许多事情都是一个人说了算。张琴秋对此十分不满，多次给张提意见，张不仅不接受还把张琴秋免职，让她到通江担任县委书记。此后张琴秋先后担任过红四方面军总医院政治部主任、妇女独立团团长兼政委、红四方面军政治部组织部部长和妇女独立师师长等职。

    在此期间，张琴秋和时任红四方面军政委的陈昌浩结婚。婚后不久，张琴秋跟随陈昌浩一起参加了西路军作战。由于敌众我寡，西路军最终失利，张琴秋被马家军俘虏，随后被押往南京。抗日战争全面爆发后，在组织的营救下，张琴秋回到了延安。不久后陈昌浩由于过度劳累，胃病复发，前往苏联医治，夫妻由此分别。后来苏德战争爆发，陈昌浩无法回国不得不长期滞留苏联，张琴秋的第二段婚姻因此无疾无终。

    1943年春，经上级批准，张琴秋和原红四方面军总医院院长苏井观结婚。新中国成立后，张琴秋担任纺织工业部副部长，苏井观担任卫生部副部长，成为唯一的部长夫妻。1955年授衔的时候，张琴秋由于已经不在部队工作，因此没有授衔，否则以她的资历，至少也是个中将。1968年，张琴秋因为历史原因受到迫害，她以死抗争，一代女将落得如此结局，实在令人扼腕叹息。