云岭（1938年8月2日――1941年1月4日）

　　云岭新四军军部位于安徽省泾县罗里村。1938年8月2日，叶挺率新四军军部机关进驻云岭地区，中共中央东南分局也同驻云岭，项英于10月22日回到云岭。在此期间，新四军召开了第二次政治工作会议和第二次参谋工作会议，以及第一次党代表大会，成立了新四军江北指挥部和新四军江南指挥部。1939年3月23日周恩来到达云岭，代表中共中央向新四军和中共中央东南分局传达中共六届六中全会精神及向敌后发展的方针。11月7日，中共中央中原局书记刘少奇抵达淮南津浦路西新四军江北指挥部。1940年10月19日，国民政府军事委员会正副参谋长何应钦、白崇禧发出“皓电”， 掀起第二次反共高潮。 1941年1月4日新四军军部奉命撤离云岭。顾祝同命令第三十二集团军总司令上官云相为总指挥，秘密调集8万余人，包围奉命北移的皖南新四军部队，制造了震惊中外的“皖南事变”。

　　盐城（1941年1月25日――1943年1月10日）

　　盐城新四军军部位于今江苏省盐城市建军西路126号，原为泰山庙。皖南事变后，中共中央军委于1941年1月20日宣布重建新四军军部，任命陈毅代军长，刘少奇为政治委员，部队整编为7个师和一个独立旅，并于25日在盐城正式成立新的军部。同年7月11日，为便于指挥反击日伪军的夏季大“扫荡”，新四军军部撤出盐城，先后移驻左家庄（今江苏省建湖县建湖镇）、刘家舍（今江苏省阜宁县南部）、陈集以及邻近的侉周庄（今江苏省阜宁县阜城镇西南13公里处）、停翅港（今江苏省阜宁县阜城镇西南17公里处）、单家港（今江苏省阜宁县阜城镇西北20公里处），1942年3月20日重驻停翅港，12月25日撤离。在此期间，中共中央东南局与中共中央中原局合并，改称中共中央华中局，刘少奇为书记。1941年12月8日，美国对日宣战，太平洋战争爆发。1942年3月19日，刘少奇赴延安，由饶漱石代理华中局书记和新四军政治委员。7月21日，中共中央军委同意新四军军部建议，第五师暂归中央军委直接指挥。

　　黄花塘（1943年1月10日――1945年2月28日）

　　黄花塘新四军军部位于江苏省盱眙县城东南黄花塘镇。在1941年重建新四军军部时，黄花塘是新四军第二师师部。1943年1月10日，华中局和新四军军部根据抗日斗争的需要，转移至此。在此期间，新四军军部领导全军开展了整风、大生产、军政大整训，发展和巩固了苏、皖、浙东等敌后抗日根据地。李先念领导的新四军第五师完成了对华中重镇武汉的战略包围，豫鄂边区发展成为地跨鄂、豫、皖、湘、赣五省的战略区。1945年1月27日，王震、王首道等率八路军第三五九旅南下支队与新四军第五师会合。

　　千棵柳（1945年2月28日――1945年9月19日）

　　千棵柳新四军军部位于江苏省盱眙县东南约50公里处。1945年2月28日新四军军部从黄花塘移驻千棵柳。4月10日迁至淮南津浦路西的大赵庄，24日再度移驻千棵柳。在此期间，新四军军部指挥所属各部发起局部反攻，并取得抗日战争的最后胜利。

　　淮阴（1945年9月21日――1945年10月28日）

　　淮阴新四军军部位于江苏省淮阴市。1945年9月6日，新四军第三师第十旅解放淮阴县城后，设立清江市。同月21日，中共中央华中局和新四军军部移驻清江市。在此期间，中共中央发出关于向北发展、向南防御的战略方针部署。要求新四军：抽调部队参加发展东北；主力开赴山东；浙江、苏南、皖南部队主力撤返江北。同时，山东分局与华中局合为华东局，陈毅、饶漱石到山东工作。后因国民党军大举进攻，新四军军部撤离淮阴。