大殿正中供奉的是御赐佛像毗卢遮那佛，汉译大日如来，是佛教密宗的最高神抵。其两旁是五代王审邽修大殿时增塑的四尊大佛，依次为东方香积世界阿閦佛，南方欢喜世界是宝生佛，西方极乐世界阿弥陀佛，北方莲花世界成就佛，合称五方佛，也叫五智如来。这五尊大佛金光闪烁，衣纹清晰，神容慈祥，法相庄严，双手分别作说法、施与、接引、禅定等相，工艺精巧，令人叹绝。五方佛的胁侍有文殊、普贤、阿难、迦叶以及观音、势至、韦驮、关羽、梵王、帝释等诸天菩萨、护法神将共10尊。在大殿后正中供奉着密宗六观音的首座圣观音以及善才、龙女和两翼神态各异的十八罗汉。开元寺历代住持皈宗不一：有法相宗、律宗、净土宗、密宗、禅宗等宗派，而大殿却能保持这种罕见的规制，这既值得夸耀，也是值得研究的。

    大雄宝殿还有一个“百柱殿”的雅称。全殿原计划设立柱子一百根，后来因为需要放置佛像和腾出给佛教徒朝拜的地方，便加长了珩梁，减少了立柱，成为86根柱子的“百柱殿”。崇祯十年（公元1637年）右参政、按察使曾樱与总兵郑芝龙重修开元寺紫云大殿时，将其中木柱全部换成石柱。百柱殿的柱子形式丰富多彩，有宋、元、明各时期的海棠花式柱、圆柱、方柱。楞梭柱、蟠龙柱等。尤其是殿后廊檐间那对16角形辉绿岩石柱，雕刻着古代印度和锡兰流传的古印度教大神克里希那的故事和花卉图案24幅，引起中外学者的极大兴趣。它与殿前月台须弥座束腰处的72幅辉绿岩狮身人面像和狮子浮雕，同为修殿时从已毁的元代主印教寺移来的。它们是宋元时期泉州海外交通繁荣发达，中外文化友好交流的历史见证。

    在五方佛前石柱和珩梁接合次，有两排相向的24尊体态丰腴、纹饰华丽、色彩斑斓，双翼舒展的天女，梵文“频伽”（即妙音鸟）。据佛经说：此鸟发声微妙，仙音优雅，连歌神紧那罗都不及她。他们原是佛的侍者，而能工巧匠们把她们的下半身嵌人柱榫里，翼胁之下爪足外露，上半身向前伸出，昂首挺胸，短衣半袒，樱洛圈胫胚，双臂伸展，腕着驯镯，手棒文房四宝，瓜果点心，丝竹管弦，翩翩若仙。他们不但给人以美的艺术享受，而且用以代替斗拱，依托粗大的珩梁，减少其过大的跨度，极为巧妙地将宗教、艺术与建筑融合起来，令人称绝。

    百柱殿的后侧西边，是据说开过白莲花的千年老桑树，即“桑蓬古迹”。看到它老态龙钟的样子，大家都相信它已有一千多岁高龄了，对其是否开过白莲花大多不去追究了。不过，在老桑树下，立有一块古老的石碑，言之凿凿，似乎确有其事。在1925年的一次雷雨中，老桑树被雷电一劈为三，其中一技坠落在地上，于是僧人们将其用一块花岗岩托起，并镌一对联“此对生莲垂拱二年，支令勿坏以全其天“，老桑树果然奇迹般地活了下来，而且枝繁叶茂，青春焕发。前几年，大风将树于从托石上吹落地，末等人们再次扶植，它已落地生根了。如今，“三树同根”的老桑树犹如一朵盛开的花朵，向着北、东、南三个方向延伸开去，一年四季，郁郁青青。

    大殿后面的甘露戒坛，建在中轴线的第二台阶上。据说唐朝时候，此地常降甘露，一个叫行昭的和尚于是在这里挖了一口甘露井。北来天津三年（公元1019年）在井上建坛，遂称甘露戒坛。南宋建炎二年（公元1108年）敦炤和尚认为戒坛不符合规范，又按《南山图经》改建为五级，其间高低宽窄都有严格的限制。后经元、明多次重修，现存建筑是清康熙五年（公元1666年）重建的四重檐八角攒尖式结构。坛顶正中藻井采用