宝庆二年(1226年)始走上仕途，任江西省信丰县主簿(典颁文书，办理事务)。南宋时期的赣闽地区，民贫、地狭、人稠，人民处水深火热中，民反和兵乱频频发生。安抚使郑性之慕其有拨乱反治才，延入幕府参预军事。刘克庄饯别宋慈时写下《满江红·送宋惠父入江西幕》一词。当时，江西南部三峒里少数民族发生变乱，赣南数百里地方都很混乱，刘克庄在词中不仅希望宋慈尽快平定叛乱，好快点回家。也劝友人不要残酷镇压起义的峒民，而应采取招安的措施，需要妥善处理好这件事，宋慈听后当场允诺。

    后来宋慈参与了平定“三峒贼”的战役。他先赈济六堡饥民，又率兵三百大破石门寨，俘获敌酋，因战功卓著而“特授舍人”。任期届满，江西提点刑狱使叶宰聘宋慈为幕僚。

    不久，在真德秀推荐下，宋慈又进入福建路招捕使陈韡幕府，参加平定闽中叛乱。宋慈“提孤军从竹洲进，且行且战三百余里”，就连久经锋镝的主帅也对他刮目相看，称赞他“忠勇过武将矣”。在军事谋划方面也多咨访于宋慈。

    因得到陈赏识，绍定四年(1231年)，宋慈被任命为长汀知县。宋慈得任长汀县令。县境百姓苦于盐价高昂，从海口溯闽江，盐运至长汀，要隔年才能运到。他莅任之初，改从潮洲沿韩江、汀江而至长汀，往返仅3月，大大节省运费。官府将盐廉价出售，百姓无不讴歌载道。

    时值宋理宗(赵昀)即位，南宋欲联蒙古破金，结果兵败于汴，加之贾似道擅权，理宗消极怠政，兵连祸结，境土日蹙，内政愈加腐败。

    端平三年(1236年)，同知枢密使魏了翁聘宋慈为幕僚。

    理宗嘉熙元年(1237年)，他任职邵武军(今属福建)通判，仅及周年，民有余念。次年，浙西饥荒，宋慈奉诏入境，叹曰："强宗巨室，始去籍以避赋，终闭粜以邀利，吾当其谋尔。"于是实行"济粜法"，将人户分为五等；最富有者出存粮半济半粜；较富有者只粜而济助；中等不济也不粜；次贫者半济助；赤贫者全济，济米由官府拨付，停征一半租税。富户不敢违命，贫者得以度过荒年。

    不久，他调任毗陵郡守。虽频繁调任，但宋慈所到之处均入境问俗，惠爱子民，佳誉鹊起。

    嘉熙三年(1239年)升任司农丞知赣州。次年，提点广东刑狱，发现所属官员多不履行职责，有拘押数年的案犯，都未理清曲直。于是制订办案规约，责令所属官员限期执行，仅8个月，就处理了200多个案犯。移任江西提点刑狱，为赣民作主，严办违法的盐贩。

    淳佑五年(1245年)，转任常州知州，议重修《毗陵志》，开始编辑洗冤录资料。任满，转任广西提点刑狱，巡行各部，雪冤禁暴，虽偏僻恶溺处所，亦必亲往视察。宋慈廉政爱民，执法严明。尤其是"于狱案，审之又审，不敢萌一毫慢易心"。

    淳佑七年(1247年)，任直秘阁、湖南提点刑狱使。是年冬，撰成《洗冤集录》。

    南宋淳佑八年(1248年)，任宝谟阁直学士，奉命巡回四路，掌管刑狱。听讼清明，决事果断。翌年，升任焕章阁直学士、广州知州与广东经略安抚使。他忽患头晕病，仍然参加祭孔典礼。从此委顿不起。同年三月初七逝世于广州官寓，享年64岁。于次年七月十五日，归葬建阳县崇雒里(今崇雒乡)建阳宋氏祖居地昌茂村。